screenseqscommand.h

   1 #ifndef SCREENSEQSCOMMAND_H
   2 #define SCREENSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  screenseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 class ScreenSeqsCommand : public Command {
  16
  17 public:
  18         ScreenSeqsCommand(string);
  19         ScreenSeqsCommand();
  20         ~ScreenSeqsCommand();
  21         vector<string> getRequiredParameters();
  22         vector<string> getValidParameters();
  23         vector<string> getRequiredFiles();
  24         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  25         int execute();
  26         void help();
  27
  28 private:
  29
  30         struct linePair {
  31                 unsigned long int start;
  32                 unsigned long int end;
  33                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  34         };
  35
  36         vector<int> processIDS;   //processid
  37         vector<linePair*> lines;
  38
  39         int screenNameGroupFile(set<string>);
  40         int screenGroupFile(set<string>);
  41         int screenAlignReport(set<string>);
  42
  43         int driver(linePair*, string, string, string, set<string>&);
  44         int createProcesses(string, string, string, set<string>&);
  45
  46         #ifdef USE_MPI
  47         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&, set<string>&);
  48         #endif
  49
  50         bool abort;
  51         string fastafile, namefile, groupfile, alignreport, outputDir;
  52         int startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength, processors, criteria;
  53         vector<string> outputNames;
  54         vector<string> optimize;
  55         map<string, vector<string> > outputTypes;
  56         map<string, int> nameMap;
  57         int readNames();
  58
  59         int getSummary(vector<unsigned long int>&);
  60         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string);
  61         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, linePair*);
  62 };
  63
  64 #endif