screenseqscommand.h

   1 #ifndef SCREENSEQSCOMMAND_H
   2 #define SCREENSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  screenseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 class ScreenSeqsCommand : public Command {
  16
  17 public:
  18         ScreenSeqsCommand(string);
  19         ~ScreenSeqsCommand();
  20         int execute();
  21         void help();
  22
  23 private:
  24
  25         struct linePair {
  26                 unsigned long int start;
  27                 unsigned long int end;
  28                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  29         };
  30
  31         vector<int> processIDS;   //processid
  32         vector<linePair*> lines;
  33
  34         int screenNameGroupFile(set<string>);
  35         int screenGroupFile(set<string>);
  36         int screenAlignReport(set<string>);
  37
  38         int driver(linePair*, string, string, string, string, set<string>&);
  39         int createProcesses(string, string, string, string, set<string>&);
  40
  41         #ifdef USE_MPI
  42         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&, set<string>&);
  43         #endif
  44
  45         bool abort;
  46         string fastafile, namefile, groupfile, alignreport, outputDir;
  47         int startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength, processors;
  48         vector<string> outputNames;
  49 };
  50
  51 #endif