reversecommand.cpp

   1 /*
   2  *  reversecommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 6/6/09.
   6  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "reversecommand.h"
  11 #include "sequence.hpp"
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  14 //***************************************************************************************************************
  15
  16 ReverseSeqsCommand::ReverseSeqsCommand(string option){
  17         try {
  18                 abort = false;
  19
  20                 //allow user to run help
  21                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  22
  23                 else {
  24                         //valid paramters for this command
  25                         string Array[] =  {"fasta"};
  26                         vector<string> myArray (Array, Array+(sizeof(Array)/sizeof(string)));
  27
  28                         OptionParser parser(option);
  29                         map<string,string> parameters = parser.getParameters();
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  31                         ValidParameters validParameter;
  32
  33                         //check to make sure all parameters are valid for command
  34                         for (map<string,string>::iterator it = parameters.begin(); it != parameters.end(); it++) {
  35                                 if (validParameter.isValidParameter(it->first, myArray, it->second) != true) {  abort = true;  }
  36                         }
  37
  38                         //check for required parameters
  39                         fasta = validParameter.validFile(parameters, "fasta", true);
  40                         if (fasta == "not open") { abort = true; }
  41                         else if (fasta == "not found") { fasta = ""; cout << "fasta is a required parameter for the reverse.seqs command." << endl; abort = true;  }
  42
  43                 }
  44         }
  45         catch(exception& e) {
  46                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReverseSeqsCommand class Function ReverseSeqsCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  47                 exit(1);
  48         }
  49         catch(...) {
  50                 cout << "An unknown error has occurred in the ReverseSeqsCommand class function ReverseSeqsCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53 }
  54 //**********************************************************************************************************************
  55
  56 void ReverseSeqsCommand::help(){
  57         try {
  58                 cout << "The reverse.seqs command reads a fastafile and ...." << "\n";
  59                 cout << "The reverse.seqs command parameter is fasta and it is required." << "\n";
  60                 cout << "The reverse.seqs command should be in the following format: " << "\n";
  61                 cout << "reverse.seqs(fasta=yourFastaFile) " << "\n";
  62         }
  63         catch(exception& e) {
  64                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReverseSeqsCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  65                 exit(1);
  66         }
  67         catch(...) {
  68                 cout << "An unknown error has occurred in the ReverseSeqsCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  69                 exit(1);
  70         }
  71 }
  72
  73 //***************************************************************************************************************
  74
  75 ReverseSeqsCommand::~ReverseSeqsCommand(){      /*      do nothing      */      }
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  80 int ReverseSeqsCommand::execute(){
  81         try{
  82
  83                 if (abort == true) { return 0; }
  84
  85                 ifstream inFASTA;
  86                 openInputFile(fasta, inFASTA);
  87
  88                 ofstream outFASTA;
  89                 string reverseFile = getRootName(fasta) + "rc" + getExtension(fasta);
  90                 openOutputFile(reverseFile, outFASTA);
  91
  92                 while(!inFASTA.eof()){
  93                         Sequence currSeq(inFASTA);
  94                         currSeq.reverseComplement();
  95                         currSeq.printSequence(outFASTA);
  96                 }
  97                 inFASTA.close();
  98                 outFASTA.close();
  99
 100                 return 0;
 101
 102         }
 103         catch(exception& e) {
 104                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReverseSeqsCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 105                 exit(1);
 106         }
 107         catch(...) {
 108                 cout << "An unknown error has occurred in the ReverseSeqsCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 109                 exit(1);
 110         }
 111 }
 112
 113 //***************************************************************************************************************