renameseqscommand.h

   1 //
   2 //  renameseqscommand.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by SarahsWork on 5/28/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_renameseqscommand_h
  10 #define Mothur_renameseqscommand_h
  11
  12 #include "command.hpp"
  13
  14 class RenameSeqsCommand : public Command {
  15
  16 public:
  17         RenameSeqsCommand(string);
  18         RenameSeqsCommand();
  19         ~RenameSeqsCommand() {}
  20
  21         vector<string> setParameters();
  22         string getCommandName()                 { return "rename.seqs";         }
  23         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  24
  25         string getHelpString();
  26     string getOutputPattern(string);
  27         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Rename.seqs"; }
  28         string getDescription()         { return "rename sequences"; }
  29
  30
  31         int execute();
  32         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  33
  34
  35 private:
  36
  37         string fastaFile, nameFile, groupfile, outputDir;
  38         vector<string> outputNames;
  39         bool abort;
  40
  41         map<string, string> nameMap;
  42 };
  43
  44
  45
  46 #endif