removeotulabelscommand.h

   1 #ifndef Mothur_removeotulabelscommand_h
   2 #define Mothur_removeotulabelscommand_h
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   5 //
   6 //  removeotulabelscommand.h
   7 //  Mothur
   8 //
   9 //  Created by Sarah Westcott on 5/21/12.
  10 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  11 //
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "inputdata.h"
  15 #include "listvector.hpp"
  16 #include "sharedrabundvector.h"
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  18 /**************************************************************************************************/
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  20 class RemoveOtuLabelsCommand : public Command {
  21 public:
  22     RemoveOtuLabelsCommand(string);
  23     RemoveOtuLabelsCommand();
  24     ~RemoveOtuLabelsCommand(){}
  25
  26     vector<string> setParameters();
  27     string getCommandName()                     { return "remove.otulabels";          }
  28     string getCommandCategory()         { return "OTU-Based Approaches";        }
  29
  30         string getHelpString();
  31     string getOutputPattern(string);
  32     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.otulabels"; }
  33     string getDescription()             { return "Can be used with output from classify.otu, otu.association, or corr.axes to remove specific otus."; }
  34
  35     int execute();
  36     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  37
  38 private:
  39     bool abort;
  40     string outputDir, accnosfile, constaxonomyfile, otucorrfile, corraxesfile, listfile, sharedfile, label;
  41     vector<string> outputNames;
  42     set<string> labels;
  43     ListVector* list;
  44     vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  45
  46     int readClassifyOtu();
  47     int readOtuAssociation();
  48     int readCorrAxes();
  49     int readList();
  50     int readShared();
  51     int getListVector();
  52     int getShared();
  53 };
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  55 /**************************************************************************************************/
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  64 #endif