refchimeratest.h

   1 #ifndef REFCHIMERATEST
   2 #define REFCHIMERATEST
   3
   4 /*
   5  *  refchimeratest.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 1/31/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  13 #include "sequence.hpp"
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  16 class RefChimeraTest {
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  18 public:
  19         RefChimeraTest(vector<Sequence>&, bool);
  20         int printHeader(ofstream&);
  21         int analyzeQuery(string, string, ofstream&);
  22         int getClosestRefIndex();
  23 private:
  24         int getMismatches(string&, vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, int&);
  25         int getChimera(vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, int&, int&, int&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&);
  26         int getTrimera(vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, int&, int&, int&, int&, int&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&);
  27         string stitchBimera(int, int, int);
  28         string stitchTrimera(int, int, int, int, int);
  29         double calcDistToChimera(string&, string&);
  30
  31         vector<string> referenceSeqs;
  32         vector<string> referenceNames;
  33         int numRefSeqs;
  34         int alignLength;
  35         int bestMatch;
  36         //ofstream chimeraReportFile;
  37         bool aligned;
  38
  39         MothurOut* m;
  40 };
  41
  42 #endif