refchimeratest.h

   1 #ifndef REFCHIMERATEST
   2 #define REFCHIMERATEST
   3
   4 /*
   5  *  refchimeratest.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 1/31/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "sequence.hpp"
  14
  15
  16 class RefChimeraTest {
  17
  18 public:
  19         RefChimeraTest(){};
  20     RefChimeraTest(vector<Sequence>&, bool);
  21         int printHeader(ofstream&);
  22     int analyzeQuery(string, string, ofstream&);
  23         int getClosestRefIndex();
  24     string getClosestRefAlignment();
  25     string getQueryAlignment();
  26
  27 private:
  28         int getAlignedMismatches(string&, vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, int&);
  29     int analyzeAlignedQuery(string, string, ofstream&);
  30     int analyzeUnalignedQuery(string, string, ofstream&);
  31     double alignQueryToReferences(string, string, string&, string&, double&);
  32     int getUnalignedDiffs(string, string, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&);
  33
  34     int getChimera(vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, int&, int&, int&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&);
  35         int getTrimera(vector<vector<int> >&, vector<vector<int> >&, int&, int&, int&, int&, int&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&);
  36         string stitchBimera(int, int, int);
  37         string stitchTrimera(int, int, int, int, int);
  38         double calcDistToChimera(string&, string&);
  39
  40         vector<string> referenceSeqs;
  41         vector<string> referenceNames;
  42         int numRefSeqs;
  43         int alignLength;
  44         int bestMatch;
  45     string bestRefAlignment;
  46     string bestQueryAlignment;
  47         //ofstream chimeraReportFile;
  48         bool aligned;
  49
  50         MothurOut* m;
  51 };
  52
  53 #endif