readtreecommand.cpp

   1 /*
   2  *  readtreecommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "readtreecommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13 ReadTreeCommand::ReadTreeCommand(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 filename = globaldata->inputFileName;
  17
  18                 //read in group map info.
  19                 treeMap = new TreeMap(globaldata->getGroupFile());
  20                 treeMap->readMap();
  21
  22                 //memory leak prevention
  23                 //if (globaldata->gTreemap != NULL) { delete globaldata->gTreemap;  }
  24                 globaldata->gTreemap = treeMap;
  25
  26                 read = new ReadNewickTree(filename);
  27
  28         }
  29         catch(exception& e) {
  30                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadTreeCommand class Function ReadTreeCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  31                 exit(1);
  32         }
  33         catch(...) {
  34                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadTreeCommand class function ReadTreeCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  35                 exit(1);
  36         }
  37 }
  38
  39 //**********************************************************************************************************************
  40
  41 ReadTreeCommand::~ReadTreeCommand(){
  42         delete read;
  43 }
  44
  45 //**********************************************************************************************************************
  46
  47 int ReadTreeCommand::execute(){
  48         try {
  49                 int readOk;
  50
  51                 readOk = read->read();
  52
  53                 if (readOk != 0) { cout << "Read Terminated." << endl; globaldata->gTree.clear(); delete globaldata->gTreemap; return 0; }
  54
  55                 vector<Tree*> T = globaldata->gTree;
  56
  57                 //assemble users trees
  58                 for (int i = 0; i < T.size(); i++) {
  59                         T[i]->assembleTree();
  60                 }
  61
  62                 return 0;
  63         }
  64         catch(exception& e) {
  65                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadTreeCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  66                 exit(1);
  67         }
  68         catch(...) {
  69                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadTreeCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  70                 exit(1);
  71         }
  72 }
  73
  74 //**********************************************************************************************************************