readtreecommand.cpp

   1 /*
   2  *  readtreecommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "readtreecommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13 ReadTreeCommand::ReadTreeCommand(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 filename = globaldata->inputFileName;
  17
  18                 //read in group map info.
  19                 treeMap = new TreeMap(globaldata->getGroupFile());
  20                 treeMap->readMap();
  21                 globaldata->gTreemap = treeMap;
  22
  23                 read = new ReadNewickTree(filename);
  24
  25         }
  26         catch(exception& e) {
  27                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadTreeCommand class Function ReadTreeCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  28                 exit(1);
  29         }
  30         catch(...) {
  31                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadTreeCommand class function ReadTreeCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  32                 exit(1);
  33         }
  34 }
  35
  36 //**********************************************************************************************************************
  37
  38 ReadTreeCommand::~ReadTreeCommand(){
  39         delete read;
  40 }
  41
  42 //**********************************************************************************************************************
  43
  44 int ReadTreeCommand::execute(){
  45         try {
  46
  47                 read->read();
  48
  49                 vector<Tree*> T = globaldata->gTree;
  50
  51                 //assemble users trees
  52                 for (int i = 0; i < T.size(); i++) {
  53                         T[i]->assembleTree();
  54                 }
  55 T[0]->createNewickFile("treeout");
  56                 return 0;
  57         }
  58         catch(exception& e) {
  59                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadTreeCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  60                 exit(1);
  61         }
  62         catch(...) {
  63                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadTreeCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  64                 exit(1);
  65         }
  66 }
  67
  68 //**********************************************************************************************************************