readseqs.cpp

   1 /*
   2  *  readseqs.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 5/11/09.
   6  *  Copyright 2009Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "readseqs.h"
  11
  12 /*******************************************************************************/
  13 ReadSeqs::ReadSeqs(string file) {
  14         try {
  15                 openInputFile(file, filehandle);
  16                 seqFile = file;
  17                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         }
  19         catch(exception& e) {
  20                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadSeqs class Function ReadSeqs. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  21                 exit(1);
  22         }
  23         catch(...) {
  24                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadSeqs class function ReadSeqs. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  25                 exit(1);
  26         }
  27 }
  28 /*******************************************************************************/
  29 ReadSeqs::~ReadSeqs(){
  30         //for(int i = 0; i < sequencedb.getNumSeqs(); i++)
  31                 //delete sequencedb.get(i);
  32 }
  33 /*******************************************************************************/
  34 void ReadSeqs::read() {
  35 }
  36
  37 /*********************************************************************************/
  38 SequenceDB* ReadSeqs::getDB() {
  39         return &sequencedb;
  40 }