readdistcommand.h

   1 #ifndef READDISTCOMMAND_H
   2 #define READDISTCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  readdistcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/20/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "readmatrix.hpp"
  14
  15 /* The read.dist command is used to read a distance matrix file.
  16 The read.dist command parameter options are phylipfile, columnfile, namefile, cutoff and precision.
  17 The read.dist command should be in the following format: read.dist(phylipfile=yourDistFile,
  18 namefile=yourNameFile, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision). The phylipfile or columnfile are required and if you use a columnfile the namefile is required.
  19 If you do not provide a cutoff value 10.00 is assumed. If you do not provide a precision value then 100 is assumed.  */
  20
  21 class NameAssignment;
  22 class GlobalData;
  23
  24
  25 class ReadDistCommand : public Command {
  26 public:
  27         ReadDistCommand();
  28         ~ReadDistCommand();
  29         int execute();
  30
  31 private:
  32         GlobalData* globaldata;
  33         double cutoff;
  34         int precision;
  35         ReadMatrix* read;
  36         string filename, format, method;
  37         NameAssignment* nameMap;
  38 };
  39
  40 #endif