readcluster.h

   1 #ifndef READCLUSTER_H
   2 #define READCLUSTER_H
   3 /*
   4  *  readcluster.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by westcott on 10/28/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
   9  *
  10  */
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  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "nameassignment.hpp"
  15 #include "listvector.hpp"
  16 #include "globaldata.hpp"
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  18
  19 /******************************************************/
  20
  21 class ReadCluster {
  22
  23 public:
  24         ReadCluster(string, float);
  25         ~ReadCluster();
  26         void read(NameAssignment*);
  27         string getOutputFile() { return OutPutFile; }
  28         void setFormat(string f) { format = f;  }
  29         ListVector* getListVector()             {       return list;    }
  30         //NameAssignment* getNameMap()  {       return nameMap; }
  31
  32 private:
  33         GlobalData* globaldata;
  34         string distFile;
  35         string OutPutFile, format;
  36         ListVector* list;
  37         float cutoff;
  38         //NameAssignment* nameMap;
  39
  40         void createHClusterFile();
  41         void convertPhylip2Column(NameAssignment*);
  42 };
  43
  44 /******************************************************/
  45
  46 #endif
  47