readblast.h

   1 #ifndef READBLAST_H
   2 #define READBLAST_H
   3 /*
   4  *  readblast.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by westcott on 12/10/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "sparsematrix.hpp"
  14 #include "nameassignment.hpp"
  15
  16 /****************************************************************************************/
  17 struct DistNode {
  18         int seq1;
  19         int seq2;
  20         float dist;
  21         DistNode(int s1, int s2, float d) : seq1(s1), seq2(s2), dist(d) {}
  22         DistNode() {}
  23         ~DistNode() {}
  24 };
  25 /****************************************************************************************/
  26
  27 //Note: this class creates a sparsematrix and list if the read is executed, but does not delete them on deconstruction.
  28 //the user of this object is responsible for deleting the matrix and list if they call the read or there will be a memory leak
  29 //it is done this way so the read can be deleted and the information still used.
  30
  31 class ReadBlast {
  32
  33 public:
  34         ReadBlast(string, float, float, int, bool, bool); //blastfile, cutoff, penalty, length of overlap, min or max bsr, hclusterWanted
  35         ~ReadBlast() {}
  36
  37         void read(NameAssignment*);
  38         SparseMatrix* getDistMatrix()           {       return matrix;          }
  39         vector<DistNode> getOverlapMatrix()     {       return overlap;         }
  40         string getOverlapFile()                         {       return overlapFile;     }
  41         string getDistFile()                            {       return distFile;        }
  42
  43 private:
  44         string blastfile, overlapFile, distFile;
  45         int length;     //number of amino acids overlapped
  46         float penalty, cutoff;  //penalty is used to adjust error rate
  47         bool minWanted;  //if true choose min bsr, if false choose max bsr
  48         bool hclusterWanted;
  49
  50         SparseMatrix* matrix;
  51         vector<DistNode> overlap;
  52
  53         void readNames(NameAssignment*);
  54 };
  55
  56 /*******************************************************************************************/
  57
  58 #endif
  59