raredisplay.cpp

   1 /*
   2  *  raredisplay.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 11/18/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "raredisplay.h"
  11
  12 /***********************************************************************/
  13
  14 void RareDisplay::init(string label){
  15         try {
  16                 this->label = label;
  17                 if(nIters != 1){
  18                         openOutputFile(tempOutName, tempOutFile);
  19                         openInputFile(tempInName, tempInFile);
  20                 }
  21                 else{
  22                         openOutputFile(tempOutName, tempOutFile);
  23                 }
  24         }
  25         catch(exception& e) {
  26                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function init. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  27                 exit(1);
  28         }
  29         catch(...) {
  30                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function init. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  31                 exit(1);
  32         }
  33 }
  34
  35 /***********************************************************************/
  36
  37 void RareDisplay::update(SAbundVector* rank){
  38         try {
  39                 int newNSeqs = rank->getNumSeqs();
  40                 vector<double> data = estimate->getValues(rank);
  41
  42                 if(nIters != 1){
  43
  44                         double oldNSeqs, oldMean, oldVar;
  45
  46                         tempInFile >> oldNSeqs >> oldMean >> oldVar;
  47
  48                         double oldS = oldVar * ( nIters - 2 );
  49                         double delta = data[0] - oldMean;
  50                         double newMean = oldMean + delta / nIters;
  51                         double newS = oldS + delta * ( data[0] - newMean );
  52                         double newVar = newS / ( nIters - 1 );
  53
  54                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << newMean << '\t' << newVar << endl;
  55                 }
  56                 else{
  57                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << data[0] << '\t' << 0 << endl;
  58                 }
  59         }
  60         catch(exception& e) {
  61                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  62                 exit(1);
  63         }
  64         catch(...) {
  65                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  66                 exit(1);
  67         }
  68 };
  69
  70 /***********************************************************************/
  71 void RareDisplay::update(SharedRAbundVector* shared1, SharedRAbundVector* shared2, int numSeqs, int numGroupComb) {
  72         try {
  73                 vector<double> data = estimate->getValues(shared1, shared2);
  74                 double newNSeqs = data[0];
  75
  76                 if(nIters != 1){
  77                         double oldNSeqs, oldMean, oldVar;
  78
  79                         tempInFile >> oldNSeqs >> oldMean >> oldVar;
  80
  81                         double oldS = oldVar * ( nIters - 2 );
  82                         double delta = data[0] - oldMean;
  83                         double newMean = oldMean + delta / nIters;
  84                         double newS = oldS + delta * ( data[0] - newMean );
  85                         double newVar = newS / ( nIters - 1 );
  86
  87                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << newMean << '\t' << newVar << endl;
  88                 }
  89                 else{
  90                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << data[0] << '\t' << 0 << endl;
  91                 }
  92         }
  93         catch(exception& e) {
  94                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  95                 exit(1);
  96         }
  97         catch(...) {
  98                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  99                 exit(1);
 100         }
 101 };
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 void RareDisplay::reset(){
 106         try {
 107                 if(nIters != 1){
 108                         tempOutFile.close();
 109                         tempInFile.close();
 110                 }
 111                 else{
 112                         tempOutFile.close();
 113                 }
 114
 115                 nIters++;
 116
 117                 remove(tempInName.c_str());
 118                 renameOk = rename(tempOutName.c_str(), tempInName.c_str());
 119
 120                 //checks to make sure user was able to rename and remove successfully
 121                 if (renameOk != 0) { cout << "Unable to rename the necessary temp files." << endl; }
 122         }
 123         catch(exception& e) {
 124                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function reset. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 125                 exit(1);
 126         }
 127         catch(...) {
 128                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function reset. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 129                 exit(1);
 130         }
 131 }
 132
 133 /***********************************************************************/
 134
 135 void RareDisplay::close(){
 136         try {
 137                 output->initFile(label);
 138
 139                 openInputFile(tempInName, tempInFile);
 140
 141                 while(!tempInFile.eof()){
 142                         int nSeqs;
 143                         tempInFile >> nSeqs;
 144
 145                         vector<double> data(3,0);
 146                         double variance = 0;
 147
 148                         tempInFile >> data[0];
 149                         tempInFile >> variance;
 150
 151                         double ci = 1.96 * pow(variance, 0.5);
 152                         data[1] = data[0] - ci;
 153                         data[2] = data[0] + ci;
 154
 155                         output->output(nSeqs, data);
 156
 157                         gobble(tempInFile);
 158                 }
 159                 tempInFile.close();
 160
 161                 remove(tempInName.c_str());
 162                 remove(tempOutName.c_str());
 163
 164                 nIters = 1;
 165                 output->resetFile();
 166         }
 167         catch(exception& e) {
 168                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function close. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 169                 exit(1);
 170         }
 171         catch(...) {
 172                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function close. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 173                 exit(1);
 174         }
 175 }
 176
 177 /***********************************************************************/
 178