raredisplay.cpp

   1 /*
   2  *  raredisplay.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 11/18/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "raredisplay.h"
  11
  12 /***********************************************************************/
  13
  14 void RareDisplay::init(string label){
  15         try {
  16                 this->label = label;
  17                 if(nIters != 1){
  18                         tempInFile.clear();
  19                         openOutputFile(tempOutName, tempOutFile);
  20                         openInputFile(tempInName, tempInFile);
  21                 }
  22                 else{
  23                         openOutputFile(tempOutName, tempOutFile);
  24                 }
  25         }
  26         catch(exception& e) {
  27                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function init. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  28                 exit(1);
  29         }
  30         catch(...) {
  31                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function init. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  32                 exit(1);
  33         }
  34 }
  35
  36 /***********************************************************************/
  37
  38 void RareDisplay::update(SAbundVector* rank){
  39         try {
  40                 int newNSeqs = rank->getNumSeqs();
  41                 vector<double> data = estimate->getValues(rank);
  42
  43                 if(nIters != 1){
  44
  45                         double oldNSeqs, oldMean, oldVar;
  46
  47                         tempInFile >> oldNSeqs >> oldMean >> oldVar;
  48
  49                         double oldS = oldVar * ( nIters - 2 );
  50                         double delta = data[0] - oldMean;
  51                         double newMean = oldMean + delta / nIters;
  52                         double newS = oldS + delta * ( data[0] - newMean );
  53                         double newVar = newS / ( nIters - 1 );
  54
  55                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << newMean << '\t' << newVar << endl;
  56                 }
  57                 else{
  58                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << data[0] << '\t' << 0 << endl;
  59                 }
  60         }
  61         catch(exception& e) {
  62                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  63                 exit(1);
  64         }
  65         catch(...) {
  66                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  67                 exit(1);
  68         }
  69 }
  70
  71 /***********************************************************************/
  72 void RareDisplay::update(vector<SharedRAbundVector*> shared, int numSeqs, int numGroupComb) {
  73         try {
  74                 vector<double> data = estimate->getValues(shared);
  75                 double newNSeqs = data[0];
  76
  77                 if(nIters != 1){
  78                         double oldNSeqs, oldMean, oldVar;
  79
  80                         tempInFile >> oldNSeqs >> oldMean >> oldVar;
  81
  82                         double oldS = oldVar * ( nIters - 2 );
  83                         double delta = data[0] - oldMean;
  84                         double newMean = oldMean + delta / nIters;
  85                         double newS = oldS + delta * ( data[0] - newMean );
  86                         double newVar = newS / ( nIters - 1 );
  87
  88                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << newMean << '\t' << newVar << endl;
  89                 }
  90                 else{
  91                         tempOutFile << newNSeqs << '\t' << data[0] << '\t' << 0 << endl;
  92                 }
  93         }
  94         catch(exception& e) {
  95                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  96                 exit(1);
  97         }
  98         catch(...) {
  99                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function update. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 100                 exit(1);
 101         }
 102 }
 103
 104 /***********************************************************************/
 105
 106 void RareDisplay::reset(){
 107         try {
 108                 if(nIters != 1){
 109                         tempOutFile.close();
 110                         tempInFile.close();
 111                 }
 112                 else{
 113                         tempOutFile.close();
 114                 }
 115
 116                 nIters++;
 117
 118                 remove(tempInName.c_str());
 119                 renameOk = rename(tempOutName.c_str(), tempInName.c_str());
 120
 121                 //checks to make sure user was able to rename and remove successfully
 122                 if (renameOk != 0) { cout << "Unable to rename the necessary temp files." << endl; }
 123         }
 124         catch(exception& e) {
 125                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function reset. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 126                 exit(1);
 127         }
 128         catch(...) {
 129                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function reset. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 130                 exit(1);
 131         }
 132 }
 133
 134 /***********************************************************************/
 135
 136 void RareDisplay::close(){
 137         try {
 138
 139                 output->initFile(label);
 140
 141                 openInputFile(tempInName, tempInFile);
 142
 143                 while(!tempInFile.eof()){
 144                         int nSeqs;
 145                         tempInFile >> nSeqs;
 146
 147                         vector<double> data(3,0);
 148                         double variance = 0;
 149
 150                         tempInFile >> data[0];
 151                         tempInFile >> variance;
 152
 153                         double ci = 1.96 * pow(variance, 0.5);
 154                         data[1] = data[0] - ci;
 155                         data[2] = data[0] + ci;
 156
 157                         output->output(nSeqs, data);
 158
 159                         gobble(tempInFile);
 160                 }
 161                 tempInFile.close();
 162
 163                 remove(tempInName.c_str());
 164                 remove(tempOutName.c_str());
 165
 166                 nIters = 1;
 167                 output->resetFile();
 168         }
 169         catch(exception& e) {
 170                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RareDisplay class Function close. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 171                 exit(1);
 172         }
 173         catch(...) {
 174                 cout << "An unknown error has occurred in the RareDisplay class function close. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 175                 exit(1);
 176         }
 177 }
 178
 179 /***********************************************************************/
 180