randomforest.hpp

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   2 //  randomforest.hpp
   3 //  rrf-fs-prototype
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   5 //  Created by Abu Zaher Faridee on 7/20/12.
   6 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
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   9 #ifndef rrf_fs_prototype_randomforest_hpp
  10 #define rrf_fs_prototype_randomforest_hpp
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  12 #include "macros.h"
  13 #include "abstractrandomforest.hpp"
  14 #include "decisiontree.hpp"
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  16 class RandomForest: public AbstractRandomForest {
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  18 public:
  19
  20     // DONE
  21     RandomForest(const vector <vector<int> > dataSet,const int numDecisionTrees, const string);
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  23
  24     //NOTE:: if you are going to dynamically cast, aren't you undoing the advantage of abstraction. Why abstract at all?
  25     //could cause maintenance issues later if other types of Abstract decison trees are created that cannot be cast as a decision tree.
  26     virtual ~RandomForest() {
  27         for (vector<AbstractDecisionTree*>::iterator it = decisionTrees.begin(); it != decisionTrees.end(); it++) {
  28             // we know that this is decision tree, so we can do a dynamic_case<DecisionTree*> here
  29             DecisionTree* decisionTree = dynamic_cast<DecisionTree*>(*it);
  30             // calling the destructor by deleting
  31             delete decisionTree;
  32         }
  33     }
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  35     int calcForrestErrorRate();
  36     int calcForrestVariableImportance(string);
  37     int populateDecisionTrees();
  38     int updateGlobalOutOfBagEstimates(DecisionTree* decisionTree);
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  40 private:
  41     MothurOut* m;
  42
  43 };
  44
  45 #endif