rabundvector.hpp

   1 #ifndef RABUND_H
   2 #define RABUND_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5
   6 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
   7         A rabundvector can be converted into and ordervector, listvector or sabundvector.
   8         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
   9         So data[0] = 6, because there are six member in that OTU.
  10         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  11                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  12                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  13                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  14
  15 class RAbundVector : public DataVector {
  16
  17 public:
  18         RAbundVector();
  19         RAbundVector(int);
  20 //      RAbundVector(const RAbundVector&);
  21         RAbundVector(string, vector<int>);
  22         RAbundVector(const RAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs){};
  23         RAbundVector(ifstream&);
  24         ~RAbundVector();
  25
  26         int getNumBins();
  27         int getNumSeqs();
  28         int getMaxRank();
  29
  30         void set(int, int);
  31         int get(int);
  32         void push_back(int);
  33         void pop_back();
  34         void resize(int);
  35         int size();
  36         vector<int>::reverse_iterator rbegin();
  37         vector<int>::reverse_iterator rend();
  38
  39         void print(ostream&);
  40         void print(string, ostream&);
  41
  42         RAbundVector getRAbundVector();
  43         SAbundVector getSAbundVector();
  44         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  45
  46 private:
  47         vector<int> data;
  48         int maxRank;
  49         int numBins;
  50         int numSeqs;
  51 };
  52
  53
  54 #endif