rabundvector.hpp

   1 #ifndef RABUND_H
   2 #define RABUND_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5
   6 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
   7         A rabundvector can be converted into and ordervector, listvector or sabundvector.
   8         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
   9         So data[0] = 6, because there are six member in that OTU.
  10         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  11                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  12                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  13                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  14
  15 class RAbundVector : public DataVector {
  16
  17 public:
  18         RAbundVector();
  19         RAbundVector(int);
  20         RAbundVector(vector<int>, int, int, int);
  21 //      RAbundVector(const RAbundVector&);
  22         RAbundVector(string, vector<int>);
  23         RAbundVector(const RAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs){};
  24         RAbundVector(ifstream&);
  25         ~RAbundVector();
  26
  27         int getNumBins();
  28         int getNumSeqs();
  29         int getMaxRank();
  30
  31         void set(int, int);
  32         int get(int);
  33         void push_back(int);
  34         void pop_back();
  35         void resize(int);
  36         int size();
  37         void quicksort();
  38         int sum();
  39         int sum(int);
  40         int numNZ();
  41         vector<int>::reverse_iterator rbegin();
  42         vector<int>::reverse_iterator rend();
  43
  44         void print(ostream&);
  45         void print(string, ostream&);
  46
  47         RAbundVector getRAbundVector();
  48         SAbundVector getSAbundVector();
  49         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  50
  51 private:
  52         vector<int> data;
  53         int maxRank;
  54         int numBins;
  55         int numSeqs;
  56 };
  57
  58
  59 #endif