rabundvector.hpp

   1 #ifndef RABUND_H
   2 #define RABUND_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5
   6 /* This class is a child to datavector.  It represents OTU information at a certain distance.
   7         A rabundvector can be converted into and ordervector, listvector or sabundvector.
   8         Each member of the internal container "data" represents an individual OTU.
   9         So data[0] = 6, because there are six member in that OTU.
  10         example: listvector             =       a,b,c,d,e,f             g,h,i           j,k             l               m
  11                          rabundvector   =       6                               3                       2               1               1
  12                          sabundvector   =       2               1               1               0               0               1
  13                          ordervector    =       1       1       1       1       1       1       2       2       2       3       3       4       5 */
  14
  15 //class SAbundVector;
  16 //class OrderVector;
  17
  18 class RAbundVector : public DataVector {
  19
  20 public:
  21         RAbundVector();
  22         RAbundVector(int);
  23         RAbundVector(vector<int>, int, int, int);
  24 //      RAbundVector(const RAbundVector&);
  25         RAbundVector(string, vector<int>);
  26         RAbundVector(const RAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs){};
  27         RAbundVector(ifstream&);
  28         ~RAbundVector();
  29
  30         int getNumBins();
  31         int getNumSeqs();
  32         int getMaxRank();
  33
  34         void set(int, int);
  35         int get(int);
  36         void push_back(int);
  37         void pop_back();
  38         void resize(int);
  39         int size();
  40         void quicksort();
  41         int sum();
  42         int sum(int);
  43         int numNZ();
  44         vector<int>::reverse_iterator rbegin();
  45         vector<int>::reverse_iterator rend();
  46
  47         void print(ostream&);
  48         void print(string, ostream&);
  49
  50         RAbundVector getRAbundVector();
  51         SAbundVector getSAbundVector();
  52         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  53
  54 private:
  55         vector<int> data;
  56         int maxRank;
  57         int numBins;
  58         int numSeqs;
  59 };
  60
  61
  62 #endif