rabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  rabundvector.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
  10
  11
  12 #include "utilities.hpp"
  13 #include "rabundvector.hpp"
  14 #include "sabundvector.hpp"
  15 #include "ordervector.hpp"
  16 #include "calculator.h"
  17
  18
  19 /***********************************************************************/
  20
  21 RAbundVector::RAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 RAbundVector::RAbundVector(int n) : DataVector(), data(n,0) , maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  26
  27 /***********************************************************************/
  28
  29 //RAbundVector::RAbundVector(const RAbundVector& rav) : DataVector(rav), data(rav.data), (rav.label),  (rav.maxRank), (rav.numBins), (rav.numSeqs){};
  30
  31
  32 /***********************************************************************/
  33
  34 RAbundVector::RAbundVector(string id, vector<int> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  35         try {
  36                 numBins = 0;
  37                 maxRank = 0;
  38                 numSeqs = 0;
  39
  40                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  41                         if(data[i] != 0)                {       numBins = i+1;          }
  42                         if(data[i] > maxRank)   {       maxRank = data[i];      }
  43                         numSeqs += data[i];
  44                 }
  45         }
  46         catch(exception& e) {
  47                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  48                 exit(1);
  49         }
  50         catch(...) {
  51                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54 }
  55
  56 /***********************************************************************/
  57
  58 RAbundVector::RAbundVector(vector<int> rav, int mr, int nb, int ns) {
  59         try {
  60                 numBins = nb;
  61                 maxRank = mr;
  62                 numSeqs = ns;
  63                 data = rav;
  64         }
  65         catch(exception& e) {
  66                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  67                 exit(1);
  68         }
  69         catch(...) {
  70                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  71                 exit(1);
  72         }
  73 }
  74
  75
  76
  77 /***********************************************************************/
  78
  79
  80 RAbundVector::RAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  81         try {
  82                 int hold;
  83                 f >> label >> hold;
  84
  85                 data.assign(hold, 0);
  86                 int inputData;
  87
  88                 for(int i=0;i<hold;i++){
  89                         f >> inputData;
  90                         set(i, inputData);
  91                 }
  92         }
  93         catch(exception& e) {
  94                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  95                 exit(1);
  96         }
  97         catch(...) {
  98                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  99                 exit(1);
 100         }
 101 }
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 RAbundVector::~RAbundVector() {
 106
 107 }
 108
 109 /***********************************************************************/
 110
 111 void RAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize){
 112         try {
 113                 int oldBinSize = data[binNumber];
 114                 data[binNumber] = newBinSize;
 115
 116                 if(oldBinSize == 0)                     {       numBins++;                              }
 117                 if(newBinSize == 0)                     {       numBins--;                              }
 118                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 119
 120                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 121         }
 122         catch(exception& e) {
 123                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 124                 exit(1);
 125         }
 126         catch(...) {
 127                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 128                 exit(1);
 129         }
 130 }
 131
 132 /***********************************************************************/
 133
 134 int RAbundVector::get(int index){
 135         return data[index];
 136
 137 }
 138
 139 /***********************************************************************/
 140
 141 void RAbundVector::push_back(int binSize){
 142         try {
 143                 data.push_back(binSize);
 144                 numBins++;
 145
 146                 if(binSize > maxRank){
 147                         maxRank = binSize;
 148                 }
 149
 150                 numSeqs += binSize;
 151         }
 152         catch(exception& e) {
 153                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 154                 exit(1);
 155         }
 156         catch(...) {
 157                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 158                 exit(1);
 159         }
 160 }
 161
 162 /***********************************************************************/
 163
 164 void RAbundVector::pop_back(){
 165
 166         return data.pop_back();
 167 }
 168
 169 /***********************************************************************/
 170
 171 void RAbundVector::resize(int size){
 172
 173         data.resize(size);
 174 }
 175
 176 /***********************************************************************/
 177
 178 int RAbundVector::size(){
 179         return data.size();
 180 }
 181
 182 /***********************************************************************/
 183
 184 void RAbundVector::quicksort(){
 185         sort(data.rbegin(), data.rend());
 186 }
 187
 188 /***********************************************************************/
 189
 190 int RAbundVector::sum(){
 191         VecCalc vecCalc;
 192         return vecCalc.sumElements(data);
 193 }
 194
 195 /***********************************************************************/
 196
 197 int RAbundVector::sum(int index){
 198         VecCalc vecCalc;
 199         return vecCalc.sumElements(data, index);
 200 }
 201
 202 /***********************************************************************/
 203
 204 int RAbundVector::numNZ(){
 205         VecCalc vecCalc;
 206         return vecCalc.numNZ(data);
 207 }
 208
 209 /***********************************************************************/
 210
 211 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rbegin(){
 212         return data.rbegin();
 213 }
 214
 215 /***********************************************************************/
 216
 217 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rend(){
 218         return data.rend();
 219 }
 220
 221 /***********************************************************************/
 222 void RAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 223         try {
 224                 output << prefix << '\t' << numBins << '\t';
 225
 226                 vector<int> hold = data;
 227                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 228
 229                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 230                 output << endl;
 231         }
 232         catch(exception& e) {
 233                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 234                 exit(1);
 235         }
 236         catch(...) {
 237                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 238                 exit(1);
 239         }
 240 }
 241
 242 /***********************************************************************/
 243 void RAbundVector::print(ostream& output){
 244         try {
 245                 output << label << '\t' << numBins << '\t';
 246
 247                 vector<int> hold = data;
 248                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 249
 250                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 251                 output << endl;
 252         }
 253         catch(exception& e) {
 254                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 255                 exit(1);
 256         }
 257         catch(...) {
 258                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 259                 exit(1);
 260         }
 261 }
 262
 263 /***********************************************************************/
 264 int RAbundVector::getNumBins(){
 265         return numBins;
 266 }
 267
 268 /***********************************************************************/
 269
 270 int RAbundVector::getNumSeqs(){
 271         return numSeqs;
 272 }
 273
 274 /***********************************************************************/
 275
 276 int RAbundVector::getMaxRank(){
 277         return maxRank;
 278 }
 279
 280 /***********************************************************************/
 281
 282 RAbundVector RAbundVector::getRAbundVector(){
 283         return *this;
 284 }
 285
 286 /***********************************************************************/
 287
 288 SAbundVector RAbundVector::getSAbundVector() {
 289         try {
 290                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 291
 292                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 293                         int abund = data[i];
 294                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 295                 }
 296                 sav.set(0, 0);
 297                 sav.setLabel(label);
 298                 return sav;
 299         }
 300         catch(exception& e) {
 301                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 302                 exit(1);
 303         }
 304         catch(...) {
 305                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 306                 exit(1);
 307         }
 308 }
 309
 310 /***********************************************************************/
 311
 312 OrderVector RAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 313         try {
 314                 OrderVector ov;
 315
 316                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 317                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 318                                 ov.push_back(i);
 319                         }
 320                 }
 321                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 322
 323                 ov.setLabel(label);
 324                 return ov;
 325         }
 326         catch(exception& e) {
 327                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 328                 exit(1);
 329         }
 330         catch(...) {
 331                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 332                 exit(1);
 333         }
 334 }
 335
 336 /***********************************************************************/