rabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  rabundvector.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
  10
  11 #include "rabundvector.hpp"
  12 #include "sabundvector.hpp"
  13 #include "ordervector.hpp"
  14 #include "calculator.h"
  15
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 RAbundVector::RAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 RAbundVector::RAbundVector(int n) : DataVector(), data(n,0) , maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  24
  25 /***********************************************************************/
  26
  27 //RAbundVector::RAbundVector(const RAbundVector& rav) : DataVector(rav), data(rav.data), (rav.label),  (rav.maxRank), (rav.numBins), (rav.numSeqs){};
  28
  29
  30 /***********************************************************************/
  31
  32 RAbundVector::RAbundVector(string id, vector<int> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  33         try {
  34                 numBins = 0;
  35                 maxRank = 0;
  36                 numSeqs = 0;
  37
  38                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  39                         if(data[i] != 0)                {       numBins = i+1;          }
  40                         if(data[i] > maxRank)   {       maxRank = data[i];      }
  41                         numSeqs += data[i];
  42                 }
  43         }
  44         catch(exception& e) {
  45                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  46                 exit(1);
  47         }
  48         catch(...) {
  49                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  50                 exit(1);
  51         }
  52 }
  53
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 RAbundVector::RAbundVector(vector<int> rav, int mr, int nb, int ns) {
  57         try {
  58                 numBins = nb;
  59                 maxRank = mr;
  60                 numSeqs = ns;
  61                 data = rav;
  62         }
  63         catch(exception& e) {
  64                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  65                 exit(1);
  66         }
  67         catch(...) {
  68                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  69                 exit(1);
  70         }
  71 }
  72
  73
  74
  75 /***********************************************************************/
  76
  77
  78 RAbundVector::RAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  79         try {
  80                 int hold;
  81                 f >> label >> hold;
  82
  83                 data.assign(hold, 0);
  84                 int inputData;
  85
  86                 for(int i=0;i<hold;i++){
  87                         f >> inputData;
  88                         set(i, inputData);
  89                 }
  90         }
  91         catch(exception& e) {
  92                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  93                 exit(1);
  94         }
  95         catch(...) {
  96                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  97                 exit(1);
  98         }
  99 }
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103 RAbundVector::~RAbundVector() {
 104
 105 }
 106
 107 /***********************************************************************/
 108
 109 void RAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize){
 110         try {
 111                 int oldBinSize = data[binNumber];
 112                 data[binNumber] = newBinSize;
 113
 114                 if(oldBinSize == 0)                     {       numBins++;                              }
 115                 if(newBinSize == 0)                     {       numBins--;                              }
 116                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 117
 118                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 119         }
 120         catch(exception& e) {
 121                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 122                 exit(1);
 123         }
 124         catch(...) {
 125                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 126                 exit(1);
 127         }
 128 }
 129
 130 /***********************************************************************/
 131
 132 int RAbundVector::get(int index){
 133         return data[index];
 134
 135 }
 136
 137 /***********************************************************************/
 138
 139 void RAbundVector::push_back(int binSize){
 140         try {
 141                 data.push_back(binSize);
 142                 numBins++;
 143
 144                 if(binSize > maxRank){
 145                         maxRank = binSize;
 146                 }
 147
 148                 numSeqs += binSize;
 149         }
 150         catch(exception& e) {
 151                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 152                 exit(1);
 153         }
 154         catch(...) {
 155                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 156                 exit(1);
 157         }
 158 }
 159
 160 /***********************************************************************/
 161
 162 void RAbundVector::pop_back(){
 163
 164         return data.pop_back();
 165 }
 166
 167 /***********************************************************************/
 168
 169 void RAbundVector::resize(int size){
 170
 171         data.resize(size);
 172 }
 173
 174 /***********************************************************************/
 175
 176 int RAbundVector::size(){
 177         return data.size();
 178 }
 179
 180 /***********************************************************************/
 181
 182 void RAbundVector::quicksort(){
 183         sort(data.rbegin(), data.rend());
 184 }
 185
 186 /***********************************************************************/
 187
 188 int RAbundVector::sum(){
 189         VecCalc vecCalc;
 190         return vecCalc.sumElements(data);
 191 }
 192
 193 /***********************************************************************/
 194
 195 int RAbundVector::sum(int index){
 196         VecCalc vecCalc;
 197         return vecCalc.sumElements(data, index);
 198 }
 199
 200 /***********************************************************************/
 201
 202 int RAbundVector::numNZ(){
 203         VecCalc vecCalc;
 204         return vecCalc.numNZ(data);
 205 }
 206
 207 /***********************************************************************/
 208
 209 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rbegin(){
 210         return data.rbegin();
 211 }
 212
 213 /***********************************************************************/
 214
 215 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rend(){
 216         return data.rend();
 217 }
 218
 219 /***********************************************************************/
 220 void RAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 221         try {
 222                 output << prefix << '\t' << numBins << '\t';
 223
 224                 vector<int> hold = data;
 225                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 226
 227                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 228                 output << endl;
 229         }
 230         catch(exception& e) {
 231                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 232                 exit(1);
 233         }
 234         catch(...) {
 235                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 236                 exit(1);
 237         }
 238 }
 239
 240 /***********************************************************************/
 241 void RAbundVector::print(ostream& output){
 242         try {
 243                 output << label << '\t' << numBins << '\t';
 244
 245                 vector<int> hold = data;
 246                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 247
 248                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 249                 output << endl;
 250         }
 251         catch(exception& e) {
 252                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 253                 exit(1);
 254         }
 255         catch(...) {
 256                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 257                 exit(1);
 258         }
 259 }
 260
 261 /***********************************************************************/
 262 int RAbundVector::getNumBins(){
 263         return numBins;
 264 }
 265
 266 /***********************************************************************/
 267
 268 int RAbundVector::getNumSeqs(){
 269         return numSeqs;
 270 }
 271
 272 /***********************************************************************/
 273
 274 int RAbundVector::getMaxRank(){
 275         return maxRank;
 276 }
 277
 278 /***********************************************************************/
 279
 280 RAbundVector RAbundVector::getRAbundVector(){
 281         return *this;
 282 }
 283
 284 /***********************************************************************/
 285
 286 SAbundVector RAbundVector::getSAbundVector() {
 287         try {
 288                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 289
 290                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 291                         int abund = data[i];
 292                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 293                 }
 294                 sav.set(0, 0);
 295                 sav.setLabel(label);
 296                 return sav;
 297         }
 298         catch(exception& e) {
 299                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 300                 exit(1);
 301         }
 302         catch(...) {
 303                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 304                 exit(1);
 305         }
 306 }
 307
 308 /***********************************************************************/
 309
 310 OrderVector RAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 311         try {
 312                 OrderVector ov;
 313
 314                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 315                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 316                                 ov.push_back(i);
 317                         }
 318                 }
 319                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 320
 321                 ov.setLabel(label);
 322                 return ov;
 323         }
 324         catch(exception& e) {
 325                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 326                 exit(1);
 327         }
 328         catch(...) {
 329                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 330                 exit(1);
 331         }
 332 }
 333
 334 /***********************************************************************/