rabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  rabundvector.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
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  11
  12 #include "utilities.hpp"
  13 #include "rabundvector.hpp"
  14 #include "sabundvector.hpp"
  15 #include "ordervector.hpp"
  16
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 RAbundVector::RAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 RAbundVector::RAbundVector(int n) : DataVector(), data(n,0) , maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  25
  26 /***********************************************************************/
  27
  28 //RAbundVector::RAbundVector(const RAbundVector& rav) : DataVector(rav), data(rav.data), (rav.label),  (rav.maxRank), (rav.numBins), (rav.numSeqs){};
  29
  30
  31 /***********************************************************************/
  32
  33 RAbundVector::RAbundVector(string id, vector<int> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  34         try {
  35                 numBins = 0;
  36                 maxRank = 0;
  37                 numSeqs = 0;
  38
  39                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  40                         if(data[i] != 0)                {       numBins = i+1;          }
  41                         if(data[i] > maxRank)   {       maxRank = data[i];      }
  42                         numSeqs += data[i];
  43                 }
  44         }
  45         catch(exception& e) {
  46                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  47                 exit(1);
  48         }
  49         catch(...) {
  50                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53 }
  54
  55
  56 /***********************************************************************/
  57
  58
  59 RAbundVector::RAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  60         try {
  61                 int hold;
  62                 f >> label >> hold;
  63
  64                 data.assign(hold, 0);
  65                 int inputData;
  66
  67                 for(int i=0;i<hold;i++){
  68                         f >> inputData;
  69                         set(i, inputData);
  70                 }
  71         }
  72         catch(exception& e) {
  73                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  74                 exit(1);
  75         }
  76         catch(...) {
  77                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  78                 exit(1);
  79         }
  80 }
  81
  82 /***********************************************************************/
  83
  84 RAbundVector::~RAbundVector() {
  85
  86 }
  87
  88 /***********************************************************************/
  89
  90 void RAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize){
  91         try {
  92                 int oldBinSize = data[binNumber];
  93                 data[binNumber] = newBinSize;
  94
  95                 if(oldBinSize == 0)                     {       numBins++;                              }
  96                 if(newBinSize == 0)                     {       numBins--;                              }
  97                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
  98
  99                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 100         }
 101         catch(exception& e) {
 102                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 103                 exit(1);
 104         }
 105         catch(...) {
 106                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 107                 exit(1);
 108         }
 109 }
 110
 111 /***********************************************************************/
 112
 113 int RAbundVector::get(int index){
 114         return data[index];
 115
 116 }
 117
 118 /***********************************************************************/
 119
 120 void RAbundVector::push_back(int binSize){
 121         try {
 122                 data.push_back(binSize);
 123                 numBins++;
 124
 125                 if(binSize > maxRank){
 126                         maxRank = binSize;
 127                 }
 128
 129                 numSeqs += binSize;
 130         }
 131         catch(exception& e) {
 132                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 133                 exit(1);
 134         }
 135         catch(...) {
 136                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 137                 exit(1);
 138         }
 139 }
 140
 141 /***********************************************************************/
 142
 143 void RAbundVector::pop_back(){
 144
 145         return data.pop_back();
 146 }
 147
 148 /***********************************************************************/
 149
 150 void RAbundVector::resize(int size){
 151
 152         data.resize(size);
 153 }
 154
 155 /***********************************************************************/
 156
 157 int RAbundVector::size(){
 158         return data.size();
 159 }
 160
 161 /***********************************************************************/
 162
 163 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rbegin(){
 164         return data.rbegin();
 165 }
 166
 167 /***********************************************************************/
 168
 169 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rend(){
 170         return data.rend();
 171 }
 172
 173 /***********************************************************************/
 174 void RAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 175         try {
 176                 output << prefix << '\t' << numBins << '\t';
 177
 178                 vector<int> hold = data;
 179                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 180
 181                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 182                 output << endl;
 183         }
 184         catch(exception& e) {
 185                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 186                 exit(1);
 187         }
 188         catch(...) {
 189                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 190                 exit(1);
 191         }
 192 }
 193
 194 /***********************************************************************/
 195 void RAbundVector::print(ostream& output){
 196         try {
 197                 output << label << '\t' << numBins << '\t';
 198
 199                 vector<int> hold = data;
 200                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 201
 202                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 203                 output << endl;
 204         }
 205         catch(exception& e) {
 206                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 207                 exit(1);
 208         }
 209         catch(...) {
 210                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 211                 exit(1);
 212         }
 213 }
 214
 215 /***********************************************************************/
 216 int RAbundVector::getNumBins(){
 217         return numBins;
 218 }
 219
 220 /***********************************************************************/
 221
 222 int RAbundVector::getNumSeqs(){
 223         return numSeqs;
 224 }
 225
 226 /***********************************************************************/
 227
 228 int RAbundVector::getMaxRank(){
 229         return maxRank;
 230 }
 231
 232 /***********************************************************************/
 233
 234 RAbundVector RAbundVector::getRAbundVector(){
 235         return *this;
 236 }
 237
 238 /***********************************************************************/
 239
 240 SAbundVector RAbundVector::getSAbundVector() {
 241         try {
 242                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 243
 244                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 245                         int abund = data[i];
 246                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 247                 }
 248                 sav.set(0, 0);
 249                 sav.setLabel(label);
 250                 return sav;
 251         }
 252         catch(exception& e) {
 253                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 254                 exit(1);
 255         }
 256         catch(...) {
 257                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 258                 exit(1);
 259         }
 260 }
 261
 262 /***********************************************************************/
 263
 264 OrderVector RAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 265         try {
 266                 OrderVector ov;
 267
 268                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 269                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 270                                 ov.push_back(i);
 271                         }
 272                 }
 273                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 274
 275                 ov.setLabel(label);
 276                 return ov;
 277         }
 278         catch(exception& e) {
 279                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 280                 exit(1);
 281         }
 282         catch(...) {
 283                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 284                 exit(1);
 285         }
 286 }
 287
 288 /***********************************************************************/