rabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  rabundvector.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "rabundvector.hpp"
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12 #include "ordervector.hpp"
  13 #include "calculator.h"
  14
  15
  16 /***********************************************************************/
  17
  18 RAbundVector::RAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {}
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 RAbundVector::RAbundVector(int n) : DataVector(), data(n,0) , maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {}
  23
  24 /***********************************************************************/
  25
  26 //RAbundVector::RAbundVector(const RAbundVector& rav) : DataVector(rav), data(rav.data), (rav.label),  (rav.maxRank), (rav.numBins), (rav.numSeqs){}
  27
  28
  29 /***********************************************************************/
  30
  31 RAbundVector::RAbundVector(string id, vector<int> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  32         try {
  33                 numBins = 0;
  34                 maxRank = 0;
  35                 numSeqs = 0;
  36
  37                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  38                         if(data[i] != 0)                {       numBins = i+1;          }
  39                         if(data[i] > maxRank)   {       maxRank = data[i];      }
  40                         numSeqs += data[i];
  41                 }
  42         }
  43         catch(exception& e) {
  44                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  45                 exit(1);
  46         }
  47         catch(...) {
  48                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51 }
  52
  53 /***********************************************************************/
  54
  55 RAbundVector::RAbundVector(vector<int> rav, int mr, int nb, int ns) {
  56         try {
  57                 numBins = nb;
  58                 maxRank = mr;
  59                 numSeqs = ns;
  60                 data = rav;
  61         }
  62         catch(exception& e) {
  63                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  64                 exit(1);
  65         }
  66         catch(...) {
  67                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  68                 exit(1);
  69         }
  70 }
  71
  72
  73
  74 /***********************************************************************/
  75
  76
  77 RAbundVector::RAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  78         try {
  79                 int hold;
  80                 f >> label >> hold;
  81
  82                 data.assign(hold, 0);
  83                 int inputData;
  84
  85                 for(int i=0;i<hold;i++){
  86                         f >> inputData;
  87                         set(i, inputData);
  88                 }
  89         }
  90         catch(exception& e) {
  91                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  92                 exit(1);
  93         }
  94         catch(...) {
  95                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  96                 exit(1);
  97         }
  98 }
  99
 100 /***********************************************************************/
 101
 102 RAbundVector::~RAbundVector() {
 103
 104 }
 105
 106 /***********************************************************************/
 107
 108 void RAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize){
 109         try {
 110                 int oldBinSize = data[binNumber];
 111                 data[binNumber] = newBinSize;
 112
 113                 if(oldBinSize == 0)                     {       numBins++;                              }
 114                 if(newBinSize == 0)                     {       numBins--;                              }
 115                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 116
 117                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 118         }
 119         catch(exception& e) {
 120                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 121                 exit(1);
 122         }
 123         catch(...) {
 124                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 125                 exit(1);
 126         }
 127 }
 128
 129 /***********************************************************************/
 130
 131 int RAbundVector::get(int index){
 132         return data[index];
 133
 134 }
 135
 136 /***********************************************************************/
 137
 138 void RAbundVector::push_back(int binSize){
 139         try {
 140                 data.push_back(binSize);
 141                 numBins++;
 142
 143                 if(binSize > maxRank){
 144                         maxRank = binSize;
 145                 }
 146
 147                 numSeqs += binSize;
 148         }
 149         catch(exception& e) {
 150                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 151                 exit(1);
 152         }
 153         catch(...) {
 154                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 155                 exit(1);
 156         }
 157 }
 158
 159 /***********************************************************************/
 160
 161 void RAbundVector::pop_back(){
 162
 163         return data.pop_back();
 164 }
 165
 166 /***********************************************************************/
 167
 168 void RAbundVector::resize(int size){
 169
 170         data.resize(size);
 171 }
 172
 173 /***********************************************************************/
 174
 175 int RAbundVector::size(){
 176         return data.size();
 177 }
 178
 179 /***********************************************************************/
 180
 181 void RAbundVector::quicksort(){
 182         sort(data.rbegin(), data.rend());
 183 }
 184
 185 /***********************************************************************/
 186
 187 int RAbundVector::sum(){
 188         VecCalc vecCalc;
 189         return vecCalc.sumElements(data);
 190 }
 191
 192 /***********************************************************************/
 193
 194 int RAbundVector::sum(int index){
 195         VecCalc vecCalc;
 196         return vecCalc.sumElements(data, index);
 197 }
 198
 199 /***********************************************************************/
 200
 201 int RAbundVector::numNZ(){
 202         VecCalc vecCalc;
 203         return vecCalc.numNZ(data);
 204 }
 205
 206 /***********************************************************************/
 207
 208 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rbegin(){
 209         return data.rbegin();
 210 }
 211
 212 /***********************************************************************/
 213
 214 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rend(){
 215         return data.rend();
 216 }
 217
 218 /***********************************************************************/
 219 void RAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 220         try {
 221                 output << prefix << '\t' << numBins << '\t';
 222
 223                 vector<int> hold = data;
 224                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 225
 226                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 227                 output << endl;
 228         }
 229         catch(exception& e) {
 230                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 231                 exit(1);
 232         }
 233         catch(...) {
 234                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 235                 exit(1);
 236         }
 237 }
 238
 239 /***********************************************************************/
 240 void RAbundVector::print(ostream& output){
 241         try {
 242                 output << label << '\t' << numBins << '\t';
 243
 244                 vector<int> hold = data;
 245                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 246
 247                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 248                 output << endl;
 249         }
 250         catch(exception& e) {
 251                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 252                 exit(1);
 253         }
 254         catch(...) {
 255                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 256                 exit(1);
 257         }
 258 }
 259
 260 /***********************************************************************/
 261 int RAbundVector::getNumBins(){
 262         return numBins;
 263 }
 264
 265 /***********************************************************************/
 266
 267 int RAbundVector::getNumSeqs(){
 268         return numSeqs;
 269 }
 270
 271 /***********************************************************************/
 272
 273 int RAbundVector::getMaxRank(){
 274         return maxRank;
 275 }
 276
 277 /***********************************************************************/
 278
 279 RAbundVector RAbundVector::getRAbundVector(){
 280         return *this;
 281 }
 282
 283 /***********************************************************************/
 284
 285 SAbundVector RAbundVector::getSAbundVector() {
 286         try {
 287                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 288
 289                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 290                         int abund = data[i];
 291                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 292                 }
 293                 sav.set(0, 0);
 294                 sav.setLabel(label);
 295                 return sav;
 296         }
 297         catch(exception& e) {
 298                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 299                 exit(1);
 300         }
 301         catch(...) {
 302                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 303                 exit(1);
 304         }
 305 }
 306
 307 /***********************************************************************/
 308
 309 OrderVector RAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 310         try {
 311                 OrderVector ov;
 312
 313                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 314                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 315                                 ov.push_back(i);
 316                         }
 317                 }
 318                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 319
 320                 ov.setLabel(label);
 321                 return ov;
 322         }
 323         catch(exception& e) {
 324                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 325                 exit(1);
 326         }
 327         catch(...) {
 328                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 329                 exit(1);
 330         }
 331 }
 332
 333 /***********************************************************************/