preclustercommand.h

   1 #ifndef PRECLUSTERCOMMAND_H
   2 #define PRECLUSTERCOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  preclustercommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 12/21/09.
  10  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "sequence.hpp"
  17
  18 /************************************************************/
  19 struct seqPNode {
  20         int numIdentical;
  21         Sequence seq;
  22         string names;
  23         bool active;
  24         seqPNode() {}
  25         seqPNode(int n, Sequence s, string nm) : numIdentical(n), seq(s), names(nm), active(1) {}
  26         ~seqPNode() {}
  27 };
  28 /************************************************************/
  29
  30 class PreClusterCommand : public Command {
  31
  32 public:
  33         PreClusterCommand(string);
  34         ~PreClusterCommand();
  35         int execute();
  36         void help();
  37
  38 private:
  39         int diffs, length;
  40         bool abort;
  41         string fastafile, namefile, outputDir;
  42         vector<seqPNode> alignSeqs; //maps the number of identical seqs to a sequence
  43         map<string, string> names; //represents the names file first column maps to second column
  44         map<string, int> sizes;  //this map a seq name to the number of identical seqs in the names file
  45         map<string, int>::iterator itSize;
  46 //      map<string, bool> active; //maps sequence name to whether it has already been merged or not.
  47
  48         int readFASTA();
  49         void readNameFile();
  50         //int readNamesFASTA();
  51         int calcMisMatches(string, string);
  52         void printData(string, string); //fasta filename, names file name
  53 };
  54
  55 /************************************************************/
  56
  57
  58
  59
  60
  61 #endif
  62
  63