preclustercommand.h

   1 #ifndef PRECLUSTERCOMMAND_H
   2 #define PRECLUSTERCOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  preclustercommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 12/21/09.
  10  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "sequence.hpp"
  17
  18 /************************************************************/
  19 struct seqPNode {
  20         int numIdentical;
  21         Sequence seq;
  22         seqPNode() {}
  23         seqPNode(int s, Sequence q) : numIdentical(s), seq(q) {}
  24         ~seqPNode() {}
  25 };
  26 /************************************************************/
  27
  28 class PreClusterCommand : public Command {
  29
  30 public:
  31         PreClusterCommand(string);
  32         ~PreClusterCommand();
  33         int execute();
  34         void help();
  35
  36 private:
  37         int diffs, length;
  38         bool abort;
  39         string fastafile, namefile;
  40         vector<seqPNode> alignSeqs; //maps the number of identical seqs to a sequence
  41         map<string, string> names; //represents the names file first column maps to second column
  42         map<string, int> sizes;  //this map a seq name to the number of identical seqs in the names file
  43         map<string, bool> active; //maps sequence name to whether it has already been merged or not.
  44
  45         int readSeqs();
  46         int calcMisMatches(string, string);
  47         void readNameFile();
  48         void printData(string, string); //fasta filename, names file name
  49 };
  50
  51 /************************************************************/
  52
  53
  54
  55
  56
  57 #endif
  58
  59