preclustercommand.h

   1 #ifndef PRECLUSTERCOMMAND_H
   2 #define PRECLUSTERCOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  preclustercommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 12/21/09.
  10  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "sequence.hpp"
  17
  18 /************************************************************/
  19 struct seqPNode {
  20         int numIdentical;
  21         Sequence seq;
  22         string names;
  23         bool active;
  24         seqPNode() {}
  25         seqPNode(int n, Sequence s, string nm) : numIdentical(n), seq(s), names(nm), active(1) {}
  26         ~seqPNode() {}
  27 };
  28 /************************************************************/
  29
  30 class PreClusterCommand : public Command {
  31
  32 public:
  33         PreClusterCommand(string);
  34         PreClusterCommand();
  35         ~PreClusterCommand(){}
  36
  37         vector<string> setParameters();
  38         string getCommandName()                 { return "pre.cluster";                         }
  39         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing";         }
  40         string getHelpString();
  41         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Pre.cluster"; }
  42         string getDescription()         { return "implements a pseudo-single linkage algorithm with the goal of removing sequences that are likely due to pyrosequencing errors"; }
  43
  44
  45         int execute();
  46         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  47
  48 private:
  49         int diffs, length;
  50         bool abort;
  51         string fastafile, namefile, outputDir;
  52         vector<seqPNode> alignSeqs; //maps the number of identical seqs to a sequence
  53         map<string, string> names; //represents the names file first column maps to second column
  54         map<string, int> sizes;  //this map a seq name to the number of identical seqs in the names file
  55         map<string, int>::iterator itSize;
  56 //      map<string, bool> active; //maps sequence name to whether it has already been merged or not.
  57         vector<string> outputNames;
  58         map<string, vector<string> > outputTypes;
  59
  60         int readFASTA();
  61         void readNameFile();
  62         //int readNamesFASTA();
  63         int calcMisMatches(string, string);
  64         void printData(string, string); //fasta filename, names file name
  65 };
  66
  67 /************************************************************/
  68
  69
  70
  71
  72
  73 #endif
  74
  75