preclustercommand.h

   1 #ifndef PRECLUSTERCOMMAND_H
   2 #define PRECLUSTERCOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  preclustercommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 12/21/09.
  10  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "sequence.hpp"
  17
  18 /************************************************************/
  19 struct seqPNode {
  20         int numIdentical;
  21         Sequence seq;
  22         string names;
  23         seqPNode() {}
  24         seqPNode(int n, Sequence s, string nm) : numIdentical(n), seq(s), names(nm) {}
  25         ~seqPNode() {}
  26 };
  27 /************************************************************/
  28
  29 class PreClusterCommand : public Command {
  30
  31 public:
  32         PreClusterCommand(string);
  33         ~PreClusterCommand();
  34         int execute();
  35         void help();
  36
  37 private:
  38         int diffs, length;
  39         bool abort;
  40         string fastafile, namefile, outputDir;
  41         list<seqPNode> alignSeqs; //maps the number of identical seqs to a sequence
  42         map<string, string> names; //represents the names file first column maps to second column
  43         map<string, int> sizes;  //this map a seq name to the number of identical seqs in the names file
  44         map<string, int>::iterator itSize;
  45 //      map<string, bool> active; //maps sequence name to whether it has already been merged or not.
  46
  47         int readFASTA();
  48         void readNameFile();
  49         //int readNamesFASTA();
  50         int calcMisMatches(string, string);
  51         void printData(ofstream&, ofstream&, seqPNode); //fasta filename, names file name
  52 };
  53
  54 /************************************************************/
  55
  56
  57
  58
  59
  60 #endif
  61
  62