phylotree.h

   1 #ifndef DOTAXONOMY_H
   2 #define DOTAXONOMY_H
   3
   4 /*
   5  * phylotree.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/17/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14
  15 /**************************************************************************************************/
  16
  17 struct TaxNode {
  18         vector<string> accessions;      //names of seqs in this branch of tree
  19         map<string, int> children;  //childs name to index in tree
  20         int parent, childNumber, level;
  21         string name, heirarchyID;
  22
  23         TaxNode(string n) : name(n), level(0), parent(-1) {             }
  24         TaxNode(){}
  25 };
  26
  27 /**************************************************************************************************/
  28
  29 class PhyloTree {
  30
  31 public:
  32         PhyloTree();
  33         PhyloTree(string);  //pass it a taxonomy file and it makes the tree
  34         ~PhyloTree() {};
  35         void addSeqToTree(string, string);
  36         void assignHeirarchyIDs(int);
  37         void print(ofstream&);
  38         vector<int> getGenusNodes();
  39         void binUnclassified();
  40
  41         TaxNode get(int i)                              {       return tree[i];                                                 }
  42         TaxNode get(string seqName)             {       return tree[name2Taxonomy[seqName]];    }
  43         int getIndex(string seqName)    {       return name2Taxonomy[seqName];                  }
  44         string getName(int i)                   {       return tree[i].name;                                    }
  45         string getFullTaxonomy(string);  //pass a sequence name return taxonomy
  46         int getMaxLevel()                               {       return maxLevel;                                                }
  47
  48 private:
  49         string getNextTaxon(string&);
  50         vector<TaxNode> tree;
  51         vector<int> genusIndex; //holds the indexes in tree where the genus level taxonomies are stored
  52         map<string, int> name2Taxonomy;  //maps name to index in tree
  53         map<int, int> uniqueTaxonomies;  //map of unique taxonomies
  54         void print(int, ofstream&);
  55         int numNodes;
  56         int numSeqs;
  57         int maxLevel;
  58 };
  59
  60 /**************************************************************************************************/
  61
  62 #endif
  63
  64