phylotree.h

   1 #ifndef DOTAXONOMY_H
   2 #define DOTAXONOMY_H
   3
   4 /*
   5  * phylotree.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/17/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "mothurout.h"
  15
  16 /**************************************************************************************************/
  17
  18 struct TaxNode {
  19         vector<string> accessions;      //names of seqs in this branch of tree
  20         map<string, int> children;  //childs name to index in tree
  21         int parent, childNumber, level;
  22         string name, heirarchyID;
  23
  24         TaxNode(string n) : name(n), level(0), parent(-1) {             }
  25         TaxNode(){}
  26 };
  27
  28 /**************************************************************************************************/
  29
  30 class PhyloTree {
  31
  32 public:
  33         PhyloTree();
  34         PhyloTree(string);  //pass it a taxonomy file and it makes the tree
  35         PhyloTree(ifstream&, string);  //pass it a taxonomy file and it makes the train.tree
  36         ~PhyloTree() {};
  37         int addSeqToTree(string, string);
  38         void assignHeirarchyIDs(int);
  39         void printTreeNodes(string); //used by bayesian to save time
  40         vector<int> getGenusNodes();
  41         vector<int> getGenusTotals();
  42         void setUp(string);  //used to create file needed for summary file if you use () constructor and add seqs manually instead of passing taxonomyfile
  43
  44         TaxNode get(int i)                              {       return tree[i];                                                 }
  45         TaxNode get(string seqName)             {       return tree[name2Taxonomy[seqName]];    }
  46         int getIndex(string seqName)    {       return name2Taxonomy[seqName];                  }
  47         string getName(int i)                   {       return tree[i].name;                                    }
  48         string getFullTaxonomy(string);  //pass a sequence name return taxonomy
  49         int getMaxLevel()                               {       return maxLevel;                                                }
  50         int getNumSeqs()  {  return numSeqs;  }
  51
  52 private:
  53         string getNextTaxon(string&);
  54         void print(ofstream&, vector<TaxNode>&); //used to create static reference taxonomy file
  55         void fillOutTree(int, vector<TaxNode>&); //used to create static reference taxonomy file
  56         void binUnclassified(string);
  57
  58         vector<TaxNode> tree;
  59         vector<int> genusIndex; //holds the indexes in tree where the genus level taxonomies are stored
  60         vector<int> totals; //holds the numSeqs at each genus level taxonomy
  61         map<string, int> name2Taxonomy;  //maps name to index in tree
  62         map<int, int> uniqueTaxonomies;  //map of unique taxonomies
  63         map<int, int> leafNodes; //used to create static reference taxonomy file
  64         //void print(int, ofstream&);
  65         int numNodes;
  66         int numSeqs;
  67         int maxLevel;
  68         bool calcTotals;
  69         MothurOut* m;
  70 };
  71
  72 /**************************************************************************************************/
  73
  74 #endif
  75
  76