phylosummary.h

   1 #ifndef RAWTRAININGDATAMAKER_H
   2 #define RAWTRAININGDATAMAKER_H
   3
   4 /*
   5  *  rawTrainingDataMaker.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 4/21/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "mothurout.h"
  15 #include "groupmap.h"
  16
  17 /**************************************************************************************************/
  18
  19 struct rawTaxNode {
  20         map<string, int> children;  //childs name to index in tree
  21         int parent, level;
  22         string name, rank;
  23         map<string, int> groupCount;
  24         int total;
  25
  26         rawTaxNode(string n) : name(n), level(0), parent(-1), total(0) {}
  27         rawTaxNode(){}
  28 };
  29
  30 /**************************************************************************************************/
  31 //doesn't use MPI ifdefs since only pid 0 uses this class
  32 class PhyloSummary {
  33
  34 public:
  35         PhyloSummary(string);
  36         PhyloSummary(string, string);
  37         ~PhyloSummary() { if (groupmap != NULL)  {  delete groupmap;  }  }
  38
  39         int summarize(string);  //pass it a taxonomy file and a group file and it makes the tree
  40         int addSeqToTree(string, string);
  41         int addSeqToTree(string, vector<string>);
  42         void print(ofstream&);
  43         int getMaxLevel() { return maxLevel; }
  44
  45 private:
  46         string getNextTaxon(string&);
  47         vector<rawTaxNode> tree;
  48         void print(int, ofstream&);
  49         void assignRank(int);
  50         void readTreeStruct(ifstream&);
  51         GroupMap* groupmap;
  52         bool ignore;
  53
  54         int numNodes;
  55         int numSeqs;
  56         int maxLevel;
  57         MothurOut* m;
  58 };
  59
  60 /**************************************************************************************************/
  61
  62 #endif
  63
  64