pcacommand.h

   1 #ifndef PCACOMMAND_H
   2 #define PCACOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  pcacommand.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 1/7/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "linearalgebra.h"
  15 #include "sharedrabundfloatvector.h"
  16
  17 /*****************************************************************/
  18 class PCACommand : public Command {
  19
  20 public:
  21         PCACommand(string);
  22         PCACommand();
  23         ~PCACommand() {}
  24
  25         vector<string> setParameters();
  26         string getCommandName()                 { return "pca";                                 }
  27         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";  }
  28         string getOutputFileNameTag(string, string);
  29         string getHelpString();
  30         string getCitation() { return "McCune B, Grace JB, Urban DL (2002). Analysis of ecological communities. MjM Software Design: Gleneden Beach, OR. \nLegendre P, Legendre L (1998). Numerical Ecology. Elsevier: New York. \nhttp://www.mothur.org/wiki/Pca"; }
  31         string getDescription()         { return "pca"; }
  32
  33         int execute();
  34         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  35
  36
  37 private:
  38
  39         bool abort, metric;
  40         string outputDir, mode, inputFile, label, groups, sharedfile, relabundfile;
  41         vector<string> outputNames, Groups;
  42         set<string> labels;
  43         LinearAlgebra linearCalc;
  44
  45         //vector< vector<double> > createMatrix(vector<SharedRAbundFloatVector*>);
  46         int process(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  47         void output(string, vector<string>, vector<vector<double> >&, vector<double>);
  48
  49 };
  50
  51 /*****************************************************************/
  52
  53 #endif
  54
  55