parsimonycommand.h

   1 #ifndef PARSIMONYCOMMAND_H
   2 #define PARSIMONYCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  parsimonycommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "parsimony.h"
  14 #include "counttable.h"
  15 #include "progress.hpp"
  16 #include "sharedutilities.h"
  17 #include "fileoutput.h"
  18 #include "readtree.h"
  19
  20
  21 class ParsimonyCommand : public Command {
  22
  23 public:
  24         ParsimonyCommand(string);
  25         ParsimonyCommand();
  26         ~ParsimonyCommand(){}
  27
  28         vector<string> setParameters();
  29         string getCommandName()                 { return "parsimony";                           }
  30         string getCommandCategory()             { return "Hypothesis Testing";          }
  31
  32         string getHelpString();
  33     string getOutputPattern(string);
  34         string getCitation() { return "Slatkin M, Maddison WP (1989). A cladistic measure of gene flow inferred from the phylogenies of alleles. Genetics 123: 603-13. \nSlatkin M, Maddison WP (1990). Detecting isolation by distance using phylogenies of genes. Genetics 126: 249-60. \nMartin AP (2002). Phylogenetic approaches for describing and comparing the diversity of microbial communities. Appl Environ Microbiol 68: 3673-82. \nSchloss PD, Handelsman J (2006). Introducing TreeClimber, a test to compare microbial community structure. Appl Environ Microbiol 72: 2379-84.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Parsimony"; }
  35         string getDescription()         { return "generic test that describes whether two or more communities have the same structure"; }
  36
  37         int execute();
  38         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  39
  40 private:
  41         FileOutput* output;
  42         vector<Tree*> T;           //user trees
  43         Tree* randT;  //random tree
  44         Tree* copyUserTree;
  45         CountTable* ct;
  46         CountTable* savect;
  47         vector<string> groupComb; // AB. AC, BC...
  48         string sumFile, randomtree, allGroups, outputDir, treefile, groupfile, namefile, countfile;
  49         int iters, numGroups, numComp, counter, processors, numUniquesInName;
  50         vector<int> numEachGroup; //vector containing the number of sequences in each group the users wants for random distrib.
  51         vector< vector<float> > userTreeScores; //scores for users trees for each comb.
  52         vector< vector<float> > UScoreSig;  //tree score signifigance when compared to random trees - percentage of random trees with that score or lower.
  53         EstOutput userData;                     //pscore info for user tree
  54         EstOutput randomData;           //pscore info for random trees
  55         map<int, double>  validScores;  //map contains scores from both user and random
  56         vector< map<int, double> > rscoreFreq;  //map <pscore, number of random trees with that score.> -vector entry for each combination.
  57         vector< map<int, double> > uscoreFreq;  //map <pscore, number of user trees with that score.> -vector entry for each combination.
  58         vector< map<int, double> > rCumul;  //map <pscore, cumulative percentage of number of random trees with that score or lower.> -vector entry for each combination.
  59         vector< map<int, double> > uCumul;  //map <pscore, cumulative percentage of number of user trees with that score or lower .> -vector entry for each combination.
  60
  61         ofstream outSum;
  62         bool abort;
  63         string groups, itersString;
  64         vector<string> Groups, outputNames; //holds groups to be used
  65         map<string, string> nameMap;
  66
  67         void printParsimonyFile();
  68         int printUSummaryFile();
  69         void getUserInput();
  70         int readNamesFile();
  71
  72 };
  73
  74
  75 #endif