parsimony.cpp

   1 /*
   2  *  parsimony.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "parsimony.h"
  11
  12 /**************************************************************************************************/
  13 EstOutput Parsimony::getValues(Tree* t) {
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16
  17                 data.resize(1,0);
  18
  19                 int score = 0;
  20
  21                 for(int i=t->getNumLeaves();i<t->getNumNodes();i++){
  22                         int lc = t->tree[i].getLChild();
  23                         int rc = t->tree[i].getRChild();
  24
  25                         int iSize = 0;
  26                         int rcSize = 0;
  27                         int lcSize = 0;
  28
  29                         //add in all the groups the users wanted
  30                         for (it = t->tree[i].pGroups.begin(); it != t->tree[i].pGroups.end(); it++) {
  31                                 if (inUsersGroups(it->first, globaldata->Groups) == true) {  iSize++;  }
  32                         }
  33
  34                         //if that leaves no groups give it 1 so it will cause no change to parent
  35                         if (iSize == 0) { iSize++; }
  36
  37                         //add in all the groups the users wanted
  38                         for (it = t->tree[rc].pGroups.begin(); it != t->tree[rc].pGroups.end(); it++) {
  39
  40                                 if (inUsersGroups(it->first, globaldata->Groups) == true) {  rcSize++;  }
  41                         }
  42
  43                         //if that leaves no groups give it 1 so it will cause no change to parent
  44                         if (rcSize == 0) { rcSize++; }
  45
  46
  47                         //add in all the groups the users wanted
  48                         for (it = t->tree[lc].pGroups.begin(); it != t->tree[lc].pGroups.end(); it++) {
  49
  50                                 if (inUsersGroups(it->first, globaldata->Groups) == true) {  lcSize++;  }
  51                         }
  52
  53                         //if that leaves no groups give it 1 so it will cause no change to parent
  54                         if (lcSize == 0) { lcSize++; }
  55
  56
  57                         //if you have more groups than either of your kids then theres been a change.
  58                          if(iSize > rcSize || iSize > lcSize){
  59                                 score++;
  60
  61                         }
  62                 }
  63
  64                 data[0] = score;
  65
  66                 return data;
  67         }
  68         catch(exception& e) {
  69                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Parsimony class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  70                 exit(1);
  71         }
  72         catch(...) {
  73                 cout << "An unknown error has occurred in the Parsimony class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  74                 exit(1);
  75         }
  76
  77 }
  78