parsimony.cpp

   1 /*
   2  *  parsimony.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
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   8  */
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  10 #include "parsimony.h"
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  12 /**************************************************************************************************/
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  14 EstOutput Parsimony::getValues(Tree* t) {
  15         try {
  16                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  17
  18                 data.resize(1,0);
  19
  20                 int score = 0;
  21
  22                 //create pgroups that reflect the groups the user want to use
  23                 for(int i=t->getNumLeaves();i<t->getNumNodes();i++){
  24                         t->tree[i].pGroups = (t->mergeUserGroups(i));
  25                 }
  26
  27                 for(int i=t->getNumLeaves();i<t->getNumNodes();i++){
  28                         int lc = t->tree[i].getLChild();
  29                         int rc = t->tree[i].getRChild();
  30
  31                         int iSize = t->tree[i].pGroups.size();
  32                         int rcSize = t->tree[rc].pGroups.size();
  33                         int lcSize = t->tree[lc].pGroups.size();
  34
  35                         //if isize are 0 then that branch is to be ignored
  36                         if (iSize == 0) { }
  37                         else if ((rcSize == 0) || (lcSize == 0)) { }
  38                         //if you have more groups than either of your kids then theres been a change.
  39                         else if(iSize > rcSize || iSize > lcSize){
  40                                 score++;
  41                         }
  42                 }
  43
  44
  45                 data[0] = score;
  46
  47                 return data;
  48         }
  49         catch(exception& e) {
  50                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Parsimony class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53         catch(...) {
  54                 cout << "An unknown error has occurred in the Parsimony class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  55                 exit(1);
  56         }
  57
  58 }
  59
  60 /**************************************************************************************************/
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