parsimony.cpp

   1 /*
   2  *  parsimony.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
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   8  */
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  10 #include "parsimony.h"
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  12 /**************************************************************************************************/
  13 EstOutput Parsimony::getValues(Tree* t) {
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16
  17                 data.resize(1,0);
  18
  19                 int score = 0;
  20
  21                 //create pgroups that reflect the groups the user want to use
  22                 for(int i=t->getNumLeaves();i<t->getNumNodes();i++){
  23                         t->tree[i].pGroups = (t->mergeUserGroups(i));
  24                 }
  25
  26                 for(int i=t->getNumLeaves();i<t->getNumNodes();i++){
  27                         int lc = t->tree[i].getLChild();
  28                         int rc = t->tree[i].getRChild();
  29
  30                         int iSize = t->tree[i].pGroups.size();
  31                         int rcSize = t->tree[rc].pGroups.size();
  32                         int lcSize = t->tree[lc].pGroups.size();
  33
  34                         //if isize are 0 then that branch is to be ignored
  35                         if (iSize == 0) { }
  36                         else if ((rcSize == 0) || (lcSize == 0)) { }
  37                         //if you have more groups than either of your kids then theres been a change.
  38                         else if(iSize > rcSize || iSize > lcSize){
  39                                 score++;
  40                         }
  41                         cout << i << ' ' << score << ": ";
  42                         t->tree[i].printNode();
  43                 }
  44
  45                 string hold;
  46                 cin >> hold;
  47
  48                 data[0] = score;
  49
  50                 return data;
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Parsimony class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56         catch(...) {
  57                 cout << "An unknown error has occurred in the Parsimony class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60
  61 }
  62
  63 /**************************************************************************************************/
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