parsimony.cpp

   1 /*
   2  *  parsimony.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/26/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "parsimony.h"
  11
  12 /**************************************************************************************************/
  13 EstOutput Parsimony::getValues(Tree* t) {
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16
  17                 data.resize(1,0);
  18
  19                 int score = 0;
  20
  21                 //create pgroups that reflect the groups the user want to use
  22                 for(int i=t->getNumLeaves();i<t->getNumNodes();i++){
  23                         t->tree[i].pGroups = (t->mergeUserGroups(i));
  24                 }
  25
  26                 for(int i=t->getNumLeaves();i<t->getNumNodes();i++){
  27                         int lc = t->tree[i].getLChild();
  28                         int rc = t->tree[i].getRChild();
  29
  30                         int iSize = t->tree[i].pGroups.size();
  31                         int rcSize = t->tree[rc].pGroups.size();
  32                         int lcSize = t->tree[lc].pGroups.size();
  33 cout << " i groups ";
  34                         //add in all the groups the users wanted
  35                         for (it = t->tree[i].pGroups.begin(); it != t->tree[i].pGroups.end(); it++) {
  36 cout << it->first << " ";
  37                         //      if (inUsersGroups(it->first, globaldata->Groups) != true) {  iSize--;  }
  38                         }
  39 cout << endl << " rc groups ";
  40                         //add in all the groups the users wanted
  41                         for (it = t->tree[rc].pGroups.begin(); it != t->tree[rc].pGroups.end(); it++) {
  42 cout << it->first << " ";
  43                                 //if (inUsersGroups(it->first, globaldata->Groups) != true) {  rcSize--;  }
  44                         }
  45 cout << endl << " lc groups ";
  46                         //add in all the groups the users wanted
  47                         for (it = t->tree[lc].pGroups.begin(); it != t->tree[lc].pGroups.end(); it++) {
  48 cout << it->first << " ";
  49                                 //if (inUsersGroups(it->first, globaldata->Groups) != true) {  lcSize--;  }
  50                         }
  51 cout << endl;
  52                         //if isize are 0 then that branch is to be ignored
  53                         if (iSize == 0) { }
  54                         else if ((rcSize == 0) || (lcSize == 0)) { }
  55                         //if you have more groups than either of your kids then theres been a change.
  56                         else if(iSize > rcSize || iSize > lcSize){
  57                                 score++;
  58                         }
  59                 }
  60
  61                 data[0] = score;
  62
  63                 return data;
  64         }
  65         catch(exception& e) {
  66                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Parsimony class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  67                 exit(1);
  68         }
  69         catch(...) {
  70                 cout << "An unknown error has occurred in the Parsimony class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  71                 exit(1);
  72         }
  73
  74 }
  75