parsesffcommand.h

   1 #ifndef PARSESFFCOMMAND_H
   2 #define PARSESFFCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  parsesffcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 2/6/10.
   9  *  Copyright 2010 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "command.hpp"
  15
  16 class ParseSFFCommand : public Command {
  17 public:
  18         ParseSFFCommand(string);
  19         ~ParseSFFCommand();
  20         int execute();
  21         void help();
  22
  23 private:
  24
  25         int parseHeaderLineToInt(ifstream&);
  26         vector<float> parseHeaderLineToFloatVector(ifstream&, int);
  27         vector<int> parseHeaderLineToIntVector(ifstream&, int);
  28         string parseHeaderLineToString(ifstream&);
  29         void screenFlow(vector<float>, int&);
  30         string flow2seq(vector<float>, int);
  31         bool screenSeq(string&, int&);
  32         bool compareDNASeq(string, string);
  33         void getOligos(vector<ofstream*>&);
  34
  35
  36         string sffFile;
  37         string oligoFile;
  38
  39         int minLength;
  40         int numFPrimers, numRPrimers, numBarcodes;
  41         vector<string> forPrimer, revPrimer;
  42         map<string, int> barcodes;
  43         vector<string> groupVector;
  44         vector<string> outputNames;
  45
  46 //      string stripSeqQual(string, int, int);
  47 //      string stripQualQual(string, int, int);
  48
  49         string outputDir;
  50         bool abort;
  51 };
  52
  53 #endif
  54
  55