pam.h

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   2 //  pam.h
   3 //  Mothur
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   5 //  Created by SarahsWork on 12/10/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
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   9 #ifndef Mothur_pam_h
  10 #define Mothur_pam_h
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  12 #include "communitytype.h"
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  14 /**************************************************************************************************/
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  16 class Pam : public CommunityTypeFinder {
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  18 public:
  19     Pam(vector<vector<int> >, vector<vector<double> >, int);
  20     double calcCHIndex(vector< vector< double> >);
  21
  22 private:
  23     set<int> medoids;
  24     map<int, int> medoid2Partition;
  25     double largestDist;
  26     vector<vector<double> > dists;
  27     vector<vector< double> > Dp; // [numSamples][2] - It contains Dp and Ep. Dp is in [numSamples][0] and Ep is in [numSamples][1]. Dp is the distance between p and the closest sample in S and Ep is the distance between p and the second closest object in S. Both are used in the build and swap phases.
  28
  29     int buildPhase();
  30     int swapPhase();
  31     int updateDp();
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  33
  34
  35 /**************************************************************************************************/
  36 };
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  38
  39 #endif