pairwiseseqscommand.h

   1 #ifndef PAIRWISESEQSCOMMAND_H
   2 #define PAIRWISESEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  pairwiseseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/20/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "database.hpp"
  16 #include "alignment.hpp"
  17 #include "validcalculator.h"
  18 #include "dist.h"
  19 #include "sequencedb.h"
  20
  21 class PairwiseSeqsCommand : public Command {
  22
  23 public:
  24         PairwiseSeqsCommand(string);
  25         PairwiseSeqsCommand();
  26         ~PairwiseSeqsCommand() {}
  27
  28         vector<string> setParameters();
  29         string getCommandName()                 { return "pairwise.seqs";               }
  30         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  31         string getHelpString();
  32         string getCitation() { return "Needleman SB, Wunsch CD (1970). A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol 48: 443-53. [ for needleman ]\nGotoh O (1982). An improved algorithm for matching biological sequences. J Mol Biol 162: 705-8. [ for gotoh ] \nhttp://www.mothur.org/wiki/Pairwise.seqs"; }
  33
  34         int execute();
  35         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  36
  37 private:
  38         struct distlinePair {
  39                 int start;
  40                 int end;
  41         };
  42
  43         vector<int> processIDS;   //end line, processid
  44         vector<distlinePair> lines;
  45
  46         Alignment* alignment;
  47         Dist* distCalculator;
  48         SequenceDB alignDB;
  49
  50         void createProcesses(string);
  51         int driver(int, int, string, float);
  52         int driver(int, int, string, string);
  53
  54         #ifdef USE_MPI
  55         int driverMPI(int, int, MPI_File&, float);
  56         int driverMPI(int, int, string, unsigned long int&);
  57         int driverMPI(int, int, string, unsigned long int&, string);
  58         #endif
  59
  60         string fastaFileName, align, calc, outputDir, output;
  61         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend, cutoff;
  62         int processors;
  63         vector<string> fastaFileNames, Estimators;
  64         vector<string> outputNames;
  65
  66         bool abort, countends, compress;
  67 };
  68
  69 #endif
  70