overlap.hpp

   1 #ifndef OVERLAP_H
   2 #define OVERLAP_H
   3
   4 /*
   5  *  overlap.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      This class cleans up the alignment at the 3' end of the alignments.  Because the Gotoh and Needleman-Wunsch
  12  *      algorithms start the traceback from the lower-right corner of the dynamic programming matrix, there may be a lot of
  13  *      scattered bases in the alignment near the 3' end of the alignment.  Here we basically look for the largest score
  14  *      in the last column and row to determine whether there should be exta gaps in sequence A or sequence B.  The gap
  15  *      issues at the 5' end of the alignment seem to take care of themselves in the traceback.
  16  *
  17  */
  18
  19 #include "mothur.h"
  20
  21 /**************************************************************************************************/
  22
  23 class Overlap {
  24
  25 public:
  26         Overlap(){};
  27         ~Overlap(){};
  28         void setOverlap(vector<vector<AlignmentCell> >&, const int, const int, const int);
  29 private:
  30         int maxRow(vector<vector<AlignmentCell> >&, const int);
  31         int maxColumn(vector<vector<AlignmentCell> >&, const int);
  32         int lA, lB;
  33 };
  34
  35 /**************************************************************************************************/
  36
  37 #endif