ordervector.cpp

   1 /*
   2  *  order.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 #include "ordervector.hpp"
  13
  14
  15 /***********************************************************************/
  16
  17 OrderVector::OrderVector() : DataVector() {}
  18
  19 /***********************************************************************/
  20
  21 //OrderVector::OrderVector(int ns) : DataVector(), data(ns, -1) {};
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 OrderVector::OrderVector(string id, vector<int> ov) :
  26                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  27 {
  28         updateStats();
  29 }
  30
  31 /***********************************************************************/
  32
  33 OrderVector::OrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  34         try {
  35                 int hold;
  36
  37                 f >> label;
  38                 f >> hold;
  39
  40                 data.assign(hold, -1);
  41
  42                 int inputData;
  43
  44                 for(int i=0;i<hold;i++){
  45                         f >> inputData;
  46                         set(i, inputData);
  47                 }
  48
  49                 updateStats();
  50         }
  51         catch(exception& e) {
  52                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  53                 exit(1);
  54         }
  55         catch(...) {
  56                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  57                 exit(1);
  58         }
  59 }
  60
  61 /***********************************************************************/
  62
  63
  64 int OrderVector::getNumBins(){
  65         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  66         return numBins;
  67 }
  68
  69 /***********************************************************************/
  70
  71 int OrderVector::getNumSeqs(){
  72         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  73         return numSeqs;
  74 }
  75
  76 /***********************************************************************/
  77
  78 int OrderVector::getMaxRank(){
  79         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  80         return maxRank;
  81 }
  82
  83 /***********************************************************************/
  84
  85
  86
  87 void OrderVector::set(int index, int binNumber){
  88
  89         data[index] = binNumber;
  90         needToUpdate = 1;
  91
  92 }
  93
  94 /***********************************************************************/
  95
  96 int OrderVector::get(int index){
  97         return data[index];
  98 }
  99
 100 /***********************************************************************/
 101
 102 void OrderVector::push_back(int index){
 103
 104         data.push_back(index);
 105         needToUpdate = 1;
 106
 107 }
 108
 109 /***********************************************************************/
 110
 111 void OrderVector::print(ostream& output){
 112         try {
 113                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 114
 115                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 116                         output << data[i] << '\t';
 117                 }
 118                 output << endl;
 119         }
 120         catch(exception& e) {
 121                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 122                 exit(1);
 123         }
 124         catch(...) {
 125                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 126                 exit(1);
 127         }
 128 }
 129
 130 /***********************************************************************/
 131
 132 void OrderVector::print(string prefix, ostream& output){
 133         try {
 134                 output << prefix << '\t' << numSeqs << '\t';
 135
 136                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 137                         output << data[i] << '\t';
 138                 }
 139                 output << endl;
 140         }
 141         catch(exception& e) {
 142                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 143                 exit(1);
 144         }
 145         catch(...) {
 146                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 147                 exit(1);
 148         }
 149 }
 150
 151 /***********************************************************************/
 152
 153 void OrderVector::resize(int){
 154         cout << "resize() did nothing in class OrderVector";
 155 }
 156
 157 /***********************************************************************/
 158
 159 int OrderVector::size(){
 160         return data.size();
 161 }
 162
 163 /***********************************************************************/
 164
 165 vector<int>::iterator OrderVector::begin(){
 166         return data.begin();
 167 }
 168
 169 /***********************************************************************/
 170
 171 vector<int>::iterator OrderVector::end(){
 172         return data.end();
 173 }
 174
 175 /***********************************************************************/
 176
 177 RAbundVector OrderVector::getRAbundVector(){
 178         try {
 179                 RAbundVector rav(data.size());
 180
 181                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 182                         rav.set(data[i], rav.get(data[i]) + 1);
 183                 }
 184                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 185                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 186                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 187                         else{
 188                                 break;
 189                         }
 190                 }
 191                 rav.setLabel(label);
 192
 193                 return rav;
 194         }
 195         catch(exception& e) {
 196                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 197                 exit(1);
 198         }
 199         catch(...) {
 200                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 201                 exit(1);
 202         }
 203 }
 204
 205 /***********************************************************************/
 206
 207 SAbundVector OrderVector::getSAbundVector(){
 208
 209         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 210         return rav.getSAbundVector();
 211
 212 }
 213
 214 /***********************************************************************/
 215
 216 OrderVector OrderVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = 0){
 217         return *this;
 218 }
 219
 220 /***********************************************************************/
 221
 222 void OrderVector::updateStats(){
 223         try {
 224                 needToUpdate = 0;
 225         //      int maxBinVectorLength = 0;
 226                 numSeqs = 0;
 227                 numBins = 0;
 228                 maxRank = 0;
 229
 230                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 231                         if(data[i] != -1){
 232                                 numSeqs++;
 233                         }
 234                 }
 235
 236                 vector<int> hold(numSeqs);
 237
 238                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 239                         if(data[i] != -1){
 240                                 hold[data[i]] = hold[data[i]]+1;
 241                         }
 242                 }
 243                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 244                         if(hold[i] > 0)                 {       numBins++;                      }
 245                         if(hold[i] > maxRank)   {       maxRank = hold[i];      }
 246                 }
 247         }
 248         catch(exception& e) {
 249                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 250                 exit(1);
 251         }
 252         catch(...) {
 253                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 254                 exit(1);
 255         }
 256 }
 257
 258 /***********************************************************************/
 259