ordervector.cpp

   1 /*
   2  *  order.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 #include "ordervector.hpp"
  13 #include "utilities.hpp"
  14
  15
  16 /***********************************************************************/
  17
  18 OrderVector::OrderVector() : DataVector() {}
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 //OrderVector::OrderVector(int ns) : DataVector(), data(ns, -1) {};
  23
  24 /***********************************************************************/
  25
  26 OrderVector::OrderVector(string id, vector<int> ov) :
  27                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  28 {
  29         updateStats();
  30 }
  31
  32 /***********************************************************************/
  33
  34 OrderVector::OrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  35         try {
  36                 int hold;
  37
  38                 f >> label;
  39                 f >> hold;
  40
  41                 data.assign(hold, -1);
  42
  43                 int inputData;
  44
  45                 for(int i=0;i<hold;i++){
  46                         f >> inputData;
  47                         set(i, inputData);
  48                 }
  49
  50                 updateStats();
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56         catch(...) {
  57                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60 }
  61
  62 /***********************************************************************/
  63
  64
  65 int OrderVector::getNumBins(){
  66         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  67         return numBins;
  68 }
  69
  70 /***********************************************************************/
  71
  72 int OrderVector::getNumSeqs(){
  73         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  74         return numSeqs;
  75 }
  76
  77 /***********************************************************************/
  78
  79 int OrderVector::getMaxRank(){
  80         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  81         return maxRank;
  82 }
  83
  84 /***********************************************************************/
  85
  86
  87
  88 void OrderVector::set(int index, int binNumber){
  89
  90         data[index] = binNumber;
  91         needToUpdate = 1;
  92
  93 }
  94
  95 /***********************************************************************/
  96
  97 int OrderVector::get(int index){
  98         return data[index];
  99 }
 100
 101 /***********************************************************************/
 102
 103 void OrderVector::push_back(int index){
 104
 105         data.push_back(index);
 106         needToUpdate = 1;
 107
 108 }
 109
 110 /***********************************************************************/
 111
 112 void OrderVector::print(ostream& output){
 113         try {
 114                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 115
 116                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 117                         output << data[i] << '\t';
 118                 }
 119                 output << endl;
 120         }
 121         catch(exception& e) {
 122                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 123                 exit(1);
 124         }
 125         catch(...) {
 126                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 127                 exit(1);
 128         }
 129 }
 130
 131 /***********************************************************************/
 132
 133 void OrderVector::print(string prefix, ostream& output){
 134         try {
 135                 output << prefix << '\t' << numSeqs << '\t';
 136
 137                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 138                         output << data[i] << '\t';
 139                 }
 140                 output << endl;
 141         }
 142         catch(exception& e) {
 143                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 144                 exit(1);
 145         }
 146         catch(...) {
 147                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 148                 exit(1);
 149         }
 150 }
 151
 152 /***********************************************************************/
 153
 154 void OrderVector::resize(int){
 155         cout << "resize() did nothing in class OrderVector";
 156 }
 157
 158 /***********************************************************************/
 159
 160 int OrderVector::size(){
 161         return data.size();
 162 }
 163
 164 /***********************************************************************/
 165
 166 vector<int>::iterator OrderVector::begin(){
 167         return data.begin();
 168 }
 169
 170 /***********************************************************************/
 171
 172 vector<int>::iterator OrderVector::end(){
 173         return data.end();
 174 }
 175
 176 /***********************************************************************/
 177
 178 RAbundVector OrderVector::getRAbundVector(){
 179         try {
 180                 RAbundVector rav(data.size());
 181
 182                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 183                         rav.set(data[i], rav.get(data[i]) + 1);
 184                 }
 185                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 186                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 187                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 188                         else{
 189                                 break;
 190                         }
 191                 }
 192                 rav.setLabel(label);
 193
 194                 return rav;
 195         }
 196         catch(exception& e) {
 197                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 198                 exit(1);
 199         }
 200         catch(...) {
 201                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 202                 exit(1);
 203         }
 204 }
 205
 206 /***********************************************************************/
 207
 208 SAbundVector OrderVector::getSAbundVector(){
 209
 210         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 211         return rav.getSAbundVector();
 212
 213 }
 214
 215 /***********************************************************************/
 216
 217 OrderVector OrderVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = 0){
 218         return *this;
 219 }
 220
 221 /***********************************************************************/
 222
 223 void OrderVector::updateStats(){
 224         try {
 225                 needToUpdate = 0;
 226         //      int maxBinVectorLength = 0;
 227                 numSeqs = 0;
 228                 numBins = 0;
 229                 maxRank = 0;
 230
 231                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 232                         if(data[i] != -1){
 233                                 numSeqs++;
 234                         }
 235                 }
 236
 237                 vector<int> hold(numSeqs);
 238
 239                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 240                         if(data[i] != -1){
 241                                 hold[data[i]] = hold[data[i]]+1;
 242                         }
 243                 }
 244                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 245                         if(hold[i] > 0)                 {       numBins++;                      }
 246                         if(hold[i] > maxRank)   {       maxRank = hold[i];      }
 247                 }
 248         }
 249         catch(exception& e) {
 250                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 251                 exit(1);
 252         }
 253         catch(...) {
 254                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 255                 exit(1);
 256         }
 257 }
 258
 259 /***********************************************************************/
 260