ordervector.cpp

   1 /*
   2  *  order.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "ordervector.hpp"
  11
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 OrderVector::OrderVector() : DataVector() {}
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 //OrderVector::OrderVector(int ns) : DataVector(), data(ns, -1) {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 OrderVector::OrderVector(string id, vector<int> ov) :
  24                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  25 {
  26         updateStats();
  27 }
  28
  29 /***********************************************************************/
  30
  31 OrderVector::OrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  32         try {
  33                 int hold;
  34
  35                 f >> label;
  36                 f >> hold;
  37
  38                 data.assign(hold, -1);
  39
  40                 int inputData;
  41
  42                 for(int i=0;i<hold;i++){
  43                         f >> inputData;
  44                         set(i, inputData);
  45                 }
  46
  47                 updateStats();
  48         }
  49         catch(exception& e) {
  50                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  51                 exit(1);
  52         }
  53         catch(...) {
  54                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  55                 exit(1);
  56         }
  57 }
  58
  59 /***********************************************************************/
  60
  61
  62 int OrderVector::getNumBins(){
  63         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  64         return numBins;
  65 }
  66
  67 /***********************************************************************/
  68
  69 int OrderVector::getNumSeqs(){
  70         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  71         return numSeqs;
  72 }
  73
  74 /***********************************************************************/
  75
  76 int OrderVector::getMaxRank(){
  77         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  78         return maxRank;
  79 }
  80
  81 /***********************************************************************/
  82
  83
  84
  85 void OrderVector::set(int index, int binNumber){
  86
  87         data[index] = binNumber;
  88         needToUpdate = 1;
  89
  90 }
  91
  92 /***********************************************************************/
  93
  94 int OrderVector::get(int index){
  95         return data[index];
  96 }
  97
  98 /***********************************************************************/
  99
 100 void OrderVector::push_back(int index){
 101
 102         data.push_back(index);
 103         needToUpdate = 1;
 104
 105 }
 106
 107 /***********************************************************************/
 108
 109 void OrderVector::print(ostream& output){
 110         try {
 111                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 112
 113                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 114                         output << data[i] << '\t';
 115                 }
 116                 output << endl;
 117         }
 118         catch(exception& e) {
 119                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 120                 exit(1);
 121         }
 122         catch(...) {
 123                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 124                 exit(1);
 125         }
 126 }
 127
 128 /***********************************************************************/
 129
 130 void OrderVector::print(string prefix, ostream& output){
 131         try {
 132                 output << prefix << '\t' << numSeqs << '\t';
 133
 134                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 135                         output << data[i] << '\t';
 136                 }
 137                 output << endl;
 138         }
 139         catch(exception& e) {
 140                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 141                 exit(1);
 142         }
 143         catch(...) {
 144                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 145                 exit(1);
 146         }
 147 }
 148
 149 /***********************************************************************/
 150
 151 void OrderVector::resize(int){
 152         cout << "resize() did nothing in class OrderVector";
 153 }
 154
 155 /***********************************************************************/
 156
 157 int OrderVector::size(){
 158         return data.size();
 159 }
 160
 161 /***********************************************************************/
 162
 163 vector<int>::iterator OrderVector::begin(){
 164         return data.begin();
 165 }
 166
 167 /***********************************************************************/
 168
 169 vector<int>::iterator OrderVector::end(){
 170         return data.end();
 171 }
 172
 173 /***********************************************************************/
 174
 175 RAbundVector OrderVector::getRAbundVector(){
 176         try {
 177                 RAbundVector rav(data.size());
 178
 179                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 180                         rav.set(data[i], rav.get(data[i]) + 1);
 181                 }
 182                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 183                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 184                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 185                         else{
 186                                 break;
 187                         }
 188                 }
 189                 rav.setLabel(label);
 190
 191                 return rav;
 192         }
 193         catch(exception& e) {
 194                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 195                 exit(1);
 196         }
 197         catch(...) {
 198                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 199                 exit(1);
 200         }
 201 }
 202
 203 /***********************************************************************/
 204
 205 SAbundVector OrderVector::getSAbundVector(){
 206
 207         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 208         return rav.getSAbundVector();
 209
 210 }
 211
 212 /***********************************************************************/
 213
 214 OrderVector OrderVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = 0){
 215         return *this;
 216 }
 217
 218 /***********************************************************************/
 219
 220 void OrderVector::updateStats(){
 221         try {
 222                 needToUpdate = 0;
 223         //      int maxBinVectorLength = 0;
 224                 numSeqs = 0;
 225                 numBins = 0;
 226                 maxRank = 0;
 227
 228                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 229                         if(data[i] != -1){
 230                                 numSeqs++;
 231                         }
 232                 }
 233
 234                 vector<int> hold(numSeqs);
 235
 236                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 237                         if(data[i] != -1){
 238                                 hold[data[i]] = hold[data[i]]+1;
 239                         }
 240                 }
 241                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 242                         if(hold[i] > 0)                 {       numBins++;                      }
 243                         if(hold[i] > maxRank)   {       maxRank = hold[i];      }
 244                 }
 245         }
 246         catch(exception& e) {
 247                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 248                 exit(1);
 249         }
 250         catch(...) {
 251                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 252                 exit(1);
 253         }
 254 }
 255
 256 /***********************************************************************/
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