nmdscommand.h

   1 #ifndef NMDSCOMMAND_H
   2 #define NMDSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  nmdscommand.h
   6  *  mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 1/11/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "linearalgebra.h"
  15
  16
  17 /*
  18  Translated from the nmds.R code written by Sarah Goslee using,
  19
  20  # Non-metric multidimensional scaling function
  21  # using the majorization algorithm from
  22  # Borg & Groenen 1997, Modern Multidimensional Scaling.
  23  #
  24
  25  # also referenced (Kruskal 1964)
  26
  27  */
  28
  29 /*****************************************************************/
  30 class NMDSCommand : public Command {
  31
  32 public:
  33         NMDSCommand(string);
  34         NMDSCommand();
  35         ~NMDSCommand();
  36         vector<string> getRequiredParameters();
  37         vector<string> getValidParameters();
  38         vector<string> getRequiredFiles();
  39         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  40         int execute();
  41         void help();
  42
  43 private:
  44
  45         bool abort, trace;
  46         string phylipfile, outputDir, axesfile;
  47         int maxdim, mindim, maxIters, iters;
  48         double epsilon;
  49         vector<string> outputNames;
  50         map<string, vector<string> > outputTypes;
  51         LinearAlgebra linearCalc;
  52
  53         vector< vector<double> > nmdsCalc(vector< vector<double> >&, vector< vector<double> >&, double&);
  54         vector< vector<double> > getConfiguration(vector< vector<double> >&, int);
  55         vector< vector<double> > generateStartingConfiguration(int, int); //pass in numNames, return axes
  56         int normalizeConfiguration(vector< vector<double> >&, int, int);
  57         double calculateStress(vector< vector<double> >&, vector< vector<double> >&);
  58         vector< vector<double> > readAxes(vector<string>);
  59         int output(vector< vector<double> >&, vector<string>&, ofstream&);
  60
  61         //vector<seqDist> satisfyMonotonicity(vector<seqDist>, vector<int>);
  62         //vector< vector<double> > calculateStressGradientVector(vector<seqDist>&, vector<seqDist>&, double, double, vector< vector<double> >&);
  63         //double calculateMagnitude(vector< vector<double> >&);
  64         //double calculateStep(vector< vector<double> >&, vector< vector<double> >&, vector<double>&);
  65         //vector< vector<double> > calculateNewConfiguration(double, vector< vector<double> >&, vector< vector<double> >&);
  66
  67 };
  68
  69 /*****************************************************************/
  70
  71 #endif
  72
  73