]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blob - needlemanoverlap.hpp
edits to cooccurrence command
[mothur.git] / needlemanoverlap.hpp
1 #ifndef NEEDLEMAN_H
2 #define NEEDLEMAN_H
3
4 /*
5  *  needleman.h
6  *  
7  *
8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
10  *
11  *      This class is an Alignment child class that implements the Needleman-Wunsch pairwise alignment algorithm as
12  *      described in:
13  *              
14  *      Needleman SB & Wunsch CD.  1970.  A general method applicable to the search for similarities in the amino acid
15  *              sequence of two proteins.  J Mol Biol.  48:443-53.
16  *      Korf I, Yandell M, & Bedell J.  2003.  BLAST.  O'Reilly & Associates.  Sebastopol, CA.
17  *
18  *      This method is simple as it assesses a consistent penalty for each gap position.  Because this method typically has
19  *      problems at the ends when two sequences do not full overlap, we employ a separate method to fix the ends (see
20  *      Overlap class documentation)
21  *
22  */
23
24 #include "mothur.h"
25 #include "alignment.hpp"
26
27 /**************************************************************************************************/
28
29 class NeedlemanOverlap : public Alignment {
30         
31 public:
32         NeedlemanOverlap(float, float, float, int);
33         ~NeedlemanOverlap();
34         void align(string, string);
35
36         
37 private:        
38         float gap;
39         float match;
40         float mismatch;
41 };
42
43 /**************************************************************************************************/
44
45 #endif