nastreport.cpp

   1 /*
   2  *  nastreport.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 12/19/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sequence.hpp"
  11 #include "nast.hpp"
  12 #include "alignment.hpp"
  13 #include "nastreport.hpp"
  14
  15 /******************************************************************************************************************/
  16
  17 NastReport::NastReport(string candidateReportFName) {
  18         openOutputFile(candidateReportFName, candidateReportFile);
  19
  20         candidateReportFile << "QueryName\tQueryLength\tTemplateName\tTemplateLength\t";
  21         candidateReportFile << "SearchMethod\tSearchScore\t";
  22         candidateReportFile << "AlignmentMethod\tQueryStart\tQueryEnd\tTemplateStart\tTemplateEnd\t";
  23         candidateReportFile << "PairwiseAlignmentLength\tGapsInQuery\tGapsInTemplate\t";
  24         candidateReportFile << "LongestInsert\t";
  25         candidateReportFile << "SimBtwnQuery&Template" << endl;
  26 }
  27
  28 /******************************************************************************************************************/
  29
  30 void NastReport::print(){
  31
  32         candidateReportFile << queryName << '\t' << queryLength << '\t' << templateName << '\t' << templateLength << '\t';
  33         candidateReportFile << searchMethod << '\t' << setprecision(2) << fixed << searchScore << '\t';
  34
  35         candidateReportFile << alignmentMethod << '\t' << candidateStartPosition << "\t" << candidateEndPosition << '\t';
  36         candidateReportFile << templateStartPosition << "\t" << templateEndPosition << '\t';
  37         candidateReportFile << pairwiseAlignmentLength << '\t' << totalGapsInQuery << '\t' << totalGapsInTemplate << '\t';
  38         candidateReportFile << longestInsert << '\t';;
  39         candidateReportFile << setprecision(2) << similarityToTemplate;
  40
  41         candidateReportFile << endl;
  42         candidateReportFile.flush();
  43 }
  44
  45 /******************************************************************************************************************/
  46
  47 void NastReport::setCandidate(Sequence* candSeq){
  48         queryName = candSeq->getName();
  49         queryLength = candSeq->getNumBases();
  50 }
  51
  52 /******************************************************************************************************************/
  53
  54 void NastReport::setTemplate(Sequence* tempSeq){
  55         templateName = tempSeq->getName();
  56         templateLength = tempSeq->getNumBases();
  57 }
  58
  59 /******************************************************************************************************************/
  60
  61 void NastReport::setSearchParameters(string method, float score){
  62         searchMethod = method;
  63         searchScore = score;
  64 }
  65
  66 /******************************************************************************************************************/
  67
  68 void NastReport::setAlignmentParameters(string method, Alignment* align){
  69         alignmentMethod = method;
  70
  71         candidateStartPosition = align->getCandidateStartPos();
  72         candidateEndPosition = align->getCandidateEndPos();
  73         templateStartPosition = align->getTemplateStartPos();
  74         templateEndPosition = align->getTemplateEndPos();
  75         pairwiseAlignmentLength = align->getPairwiseLength();
  76
  77         totalGapsInQuery = pairwiseAlignmentLength - (candidateEndPosition - candidateStartPosition + 1);
  78         totalGapsInTemplate = pairwiseAlignmentLength - (templateEndPosition - templateStartPosition + 1);
  79 }
  80
  81 /******************************************************************************************************************/
  82
  83 void NastReport::setNastParameters(Nast nast){
  84
  85         longestInsert = nast.getMaxInsertLength();
  86         similarityToTemplate = nast.getSimilarityScore();
  87
  88 }
  89
  90 /******************************************************************************************************************/