nastreport.cpp

   1 /*
   2  *  nastreport.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 12/19/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 #include "sequence.hpp"
  13 #include "nast.hpp"
  14 #include "alignment.hpp"
  15 #include "nastreport.hpp"
  16
  17 /******************************************************************************************************************/
  18
  19 NastReport::NastReport(string candidateReportFName) {
  20         openOutputFile(candidateReportFName, candidateReportFile);
  21
  22         candidateReportFile << "QueryName\tQueryLength\tTemplateName\tTemplateLength\t";
  23         candidateReportFile << "SearchMethod\tSearchScore\t";
  24         candidateReportFile << "AlignmentMethod\tQueryStart\tQueryEnd\tTemplateStart\tTemplateEnd\t";
  25         candidateReportFile << "PairwiseAlignmentLength\tGapsInQuery\tGapsInTemplate\t";
  26         candidateReportFile << "LongestInsert\t";
  27         candidateReportFile << "SimBtwnQuery&Template" << endl;
  28 }
  29
  30 /******************************************************************************************************************/
  31
  32 void NastReport::print(){
  33
  34         candidateReportFile << queryName << '\t' << queryLength << '\t' << templateName << '\t' << templateLength << '\t';
  35         candidateReportFile << searchMethod << '\t' << setprecision(2) << fixed << searchScore << '\t';
  36
  37         candidateReportFile << alignmentMethod << '\t' << candidateStartPosition << "\t" << candidateEndPosition << '\t';
  38         candidateReportFile << templateStartPosition << "\t" << templateEndPosition << '\t';
  39         candidateReportFile << pairwiseAlignmentLength << '\t' << totalGapsInQuery << '\t' << totalGapsInTemplate << '\t';
  40         candidateReportFile << longestInsert << '\t';;
  41         candidateReportFile << setprecision(2) << similarityToTemplate;
  42
  43         candidateReportFile << endl;
  44         candidateReportFile.flush();
  45 }
  46
  47 /******************************************************************************************************************/
  48
  49 void NastReport::setCandidate(Sequence* candSeq){
  50         queryName = candSeq->getName();
  51         queryLength = candSeq->getNumBases();
  52 }
  53
  54 /******************************************************************************************************************/
  55
  56 void NastReport::setTemplate(Sequence* tempSeq){
  57         templateName = tempSeq->getName();
  58         templateLength = tempSeq->getNumBases();
  59 }
  60
  61 /******************************************************************************************************************/
  62
  63 void NastReport::setSearchParameters(string method, float score){
  64         searchMethod = method;
  65         searchScore = score;
  66 }
  67
  68 /******************************************************************************************************************/
  69
  70 void NastReport::setAlignmentParameters(string method, Alignment* align){
  71         alignmentMethod = method;
  72
  73         candidateStartPosition = align->getCandidateStartPos();
  74         candidateEndPosition = align->getCandidateEndPos();
  75         templateStartPosition = align->getTemplateStartPos();
  76         templateEndPosition = align->getTemplateEndPos();
  77         pairwiseAlignmentLength = align->getPairwiseLength();
  78
  79         totalGapsInQuery = pairwiseAlignmentLength - (candidateEndPosition - candidateStartPosition + 1);
  80         totalGapsInTemplate = pairwiseAlignmentLength - (templateEndPosition - templateStartPosition + 1);
  81 }
  82
  83 /******************************************************************************************************************/
  84
  85 void NastReport::setNastParameters(Nast nast){
  86
  87         longestInsert = nast.getMaxInsertLength();
  88         similarityToTemplate = nast.getSimilarityScore();
  89
  90 }
  91
  92 /******************************************************************************************************************/