nastreport.cpp

   1 /*
   2  *  nastreport.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 12/19/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sequence.hpp"
  11 #include "nast.hpp"
  12 #include "alignment.hpp"
  13 #include "nastreport.hpp"
  14
  15 /******************************************************************************************************************/
  16
  17 NastReport::NastReport(string candidateReportFName) {
  18         openOutputFile(candidateReportFName, candidateReportFile);
  19
  20         candidateReportFile << "QueryName\tQueryLength\tTemplateName\tTemplateLength\t";
  21         candidateReportFile << "SearchMethod\tSearchScore\t";
  22         candidateReportFile << "AlignmentMethod\tQueryStart\tQueryEnd\tTemplateStart\tTemplateEnd\t";
  23         candidateReportFile << "PairwiseAlignmentLength\tGapsInQuery\tGapsInTemplate\t";
  24         candidateReportFile << "LongestInsert\t";
  25         candidateReportFile << "SimBtwnQuery&Template" << endl;
  26 }
  27
  28 /******************************************************************************************************************/
  29
  30 NastReport::~NastReport() {
  31         candidateReportFile.close();
  32 }
  33
  34 /******************************************************************************************************************/
  35
  36 void NastReport::print(){
  37
  38         candidateReportFile << queryName << '\t' << queryLength << '\t' << templateName << '\t' << templateLength << '\t';
  39         candidateReportFile << searchMethod << '\t' << setprecision(2) << fixed << searchScore << '\t';
  40
  41         candidateReportFile << alignmentMethod << '\t' << candidateStartPosition << "\t" << candidateEndPosition << '\t';
  42         candidateReportFile << templateStartPosition << "\t" << templateEndPosition << '\t';
  43         candidateReportFile << pairwiseAlignmentLength << '\t' << totalGapsInQuery << '\t' << totalGapsInTemplate << '\t';
  44         candidateReportFile << longestInsert << '\t';;
  45         candidateReportFile << setprecision(2) << similarityToTemplate;
  46
  47         candidateReportFile << endl;
  48         candidateReportFile.flush();
  49 }
  50
  51 /******************************************************************************************************************/
  52
  53 void NastReport::setCandidate(Sequence* candSeq){
  54         queryName = candSeq->getName();
  55         queryLength = candSeq->getNumBases();
  56 }
  57
  58 /******************************************************************************************************************/
  59
  60 void NastReport::setTemplate(Sequence* tempSeq){
  61         templateName = tempSeq->getName();
  62         templateLength = tempSeq->getNumBases();
  63 }
  64
  65 /******************************************************************************************************************/
  66
  67 void NastReport::setSearchParameters(string method, float score){
  68         searchMethod = method;
  69         searchScore = score;
  70 }
  71
  72 /******************************************************************************************************************/
  73
  74 void NastReport::setAlignmentParameters(string method, Alignment* align){
  75         alignmentMethod = method;
  76
  77         candidateStartPosition = align->getCandidateStartPos();
  78         candidateEndPosition = align->getCandidateEndPos();
  79         templateStartPosition = align->getTemplateStartPos();
  80         templateEndPosition = align->getTemplateEndPos();
  81         pairwiseAlignmentLength = align->getPairwiseLength();
  82
  83         totalGapsInQuery = pairwiseAlignmentLength - (candidateEndPosition - candidateStartPosition + 1);
  84         totalGapsInTemplate = pairwiseAlignmentLength - (templateEndPosition - templateStartPosition + 1);
  85 }
  86
  87 /******************************************************************************************************************/
  88
  89 void NastReport::setNastParameters(Nast nast){
  90
  91         longestInsert = nast.getMaxInsertLength();
  92         similarityToTemplate = nast.getSimilarityScore();
  93
  94 }
  95
  96 /******************************************************************************************************************/