nast.hpp

   1 #ifndef NAST_HPP
   2 #define NAST_HPP
   3
   4 /*
   5  *  nast.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/17/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      This is my implementation of the NAST (nearest alignment space termination) algorithm as described in:
  12  *
  13  *      DeSantis TZ, Hugenholtz P, Keller K, Brodie EL, Larsen N, Piceno YM, Phan R, & Anderson GL.  2006.  NAST: a multiple
  14  *              sequence alignment server for comparative analysis of 16S rRNA genes.  Nucleic Acids Research.  34:W394-9.
  15  *
  16  *      To construct an object one needs to provide a method of getting a pairwise alignment (alignment) and the template
  17  *      and candidate sequence that are to be aligned to each other.
  18  *
  19  */
  20
  21 #include "mothur.h"
  22
  23 class Alignment;
  24 class Sequence;
  25
  26 /**************************************************************************************************/
  27
  28 class Nast {
  29
  30 public:
  31         Nast(Alignment*, Sequence*, Sequence*);
  32         float getSimilarityScore();
  33         int getMaxInsertLength();
  34
  35 private:
  36         void pairwiseAlignSeqs();
  37         void regapSequences();
  38         void removeExtraGaps(string&, string, string);
  39
  40         Alignment* alignment;
  41         Sequence* candidateSeq;
  42         Sequence* templateSeq;
  43
  44         int maxInsertLength;
  45 };
  46
  47 /**************************************************************************************************/
  48
  49 #endif