nast.hpp

   1 #ifndef NAST_HPP
   2 #define NAST_HPP
   3
   4 /*
   5  *  nast.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/17/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      This is my implementation of the NAST (nearest alignment space termination) algorithm as described in:
  12  *
  13  *      DeSantis TZ, Hugenholtz P, Keller K, Brodie EL, Larsen N, Piceno YM, Phan R, & Anderson GL.  2006.  NAST: a multiple
  14  *              sequence alignment server for comparative analysis of 16S rRNA genes.  Nucleic Acids Research.  34:W394-9.
  15  *
  16  *      To construct an object one needs to provide a method of getting a pairwise alignment (alignment) and the template
  17  *      and candidate sequence that are to be aligned to each other.
  18  *
  19  */
  20
  21 #include "mothur.h"
  22 #include "mothurout.h"
  23
  24 class Alignment;
  25 class Sequence;
  26
  27 /**************************************************************************************************/
  28
  29 class Nast {
  30
  31 public:
  32         Nast(Alignment*, Sequence*, Sequence*);
  33         ~Nast(){};
  34         float getSimilarityScore();
  35         int getMaxInsertLength();
  36
  37 private:
  38         void pairwiseAlignSeqs();
  39         void regapSequences();
  40         void removeExtraGaps(string&, string, string);
  41
  42         Alignment* alignment;
  43         Sequence* candidateSeq;
  44         Sequence* templateSeq;
  45
  46         int maxInsertLength;
  47         MothurOut* m;
  48 };
  49
  50 /**************************************************************************************************/
  51
  52 #endif